使用该方法计算结合自由能的计算公式为: EnergyBinding= EnergyComplex- EnergyLigand- EnergyReceptor 计算的结果会输出:Binding Energy(结合自由能)、Ligand Energy(配体能)、Protein Energy(蛋白能)、Complex Energy(复合物能)以及Entropic Energy(熵)。 将蛋白与配体导入至Discovery Studio窗口中打开; 首先需要给蛋白赋...
水平物理过程描述了蛋白质复合物中从溶剂中未结合的配体到结合态的自由能变化。在垂直炼金术过程中，配体1在非结合态和结合态转变为配体2。这是通过一系列非物理中间状态进行计算的。ΔGcomplex - ΔGfree的炼金术相对束缚自由能的计算相当于ΔG2 - ΔG1，但计算成本较低。本教程主要包括以下步骤：制备类似物和...
MSLD计算自由能涉及偏差优化和生产计算。参数设置包括在核心配体上添加化学基团、调整生产相关参数等。在偏差优化中，目标是优化参数，增强每个位点上不同取代基之间的过渡。在生产计算中，对配体的每个位点上的取代基进行采样，并记录每个唯一配体的概率。生产模拟完成后，结合自由配体和蛋白质-配体复合体模拟...
在该阶段，将先导化合物作为模板，为每个配体生成多个构象，通过能量计算确定结合能。选择Top Scoring Conformations文件，并为每个配体添加CHARMm力场。3. 运行FEP计算 此步骤涉及计算配体从非结合态到结合态的自由能变化。通过合并配体对的拓扑分子，实现从一个配体到另一个的转变。4. 整理与分析FEP结果 ...
使用DS软件通过MM-PBSA进行结合自由能计算,一般来说,结合自由能越小,复合物越稳定,配体和受体之间的结合越强。表6总结了所有配合物的相互作用能和结合自由能。可以看出虚拟筛选的8个候选分子中,除了CBG98066,其余分子的结合自由能与1FN相近且优于Cabozantinib,进一步证明了其抑制c-Met的潜力。
Discovery Studio是一款分子模拟软件,可用于执行多种类型的计算,包括分子动力学模拟、自由能微扰(FEP)模拟等。在蛋白-蛋白对接计算中,Discovery Studio的ZDOCK模块可以用来实现这一目标。 首先,需要导入受体蛋白和配体蛋白的结构。这些蛋白的结构应该在对接前进行处理,包括修复任何缺失的原子或片段。 然后,可以使用ZDOCK...
从DurgBank数据库中获得[13],这1150个假定的无活性分子的药理作用未知,或者它们对CypD以外的不同蛋白质具有活性,其DurgBank ID如表S2(支持信息)所示。并用富集因子(EF)和命中优度评分(GH)对药效团模型进行评价。 2.分子动力学模拟和结合自由能计算 为了研究CypD与候选分子(ZINC161011368, ZINC664707610和ZINC6 ...
最后，最准确但计算密集的方法来区分配体是自由能模拟 (FEP)。这个方法严格将物理性质与显式溶剂建模相...
二、Discovery Studio LibDock的打分参数 1.力场评分:基于分子力场计算所得的能量值,越低代表结合越紧密。 2.亲和度评分:根据配体在其预定位点的相对自由能来计算,越低越好。 3.副作用评分:根据配体与靶蛋白的相互作用,以及与其他非靶蛋白的相互作用来评估副作用风险。 4.拟合性评分:根据最后生成的分子结构与已知...