在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白-蛋白的对接计算。 本教程中,我们以牛β-胰岛素(PDB 号:2PTN)作为受体蛋白,胰岛素抑制剂CMTI-I(PDB 号:2STA,I 链)将作为配体蛋白为例,使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接,并分析对接的结果。从中选取的一些结合构型,利用RDOCK 进行优化。 1.运行ZDOCK 首先导入受体蛋白...
目的: 通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins with ZDOCK,Refinement with RDOCK。 所需数据文件:2pt…
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些...
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins with ZDOCK,Refinement with RDOCK。 所需数据文件:2ptn.pdb,2sta_I.pdb。 所需时间:1小时30分钟 介绍 蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。
根据提供的信息,ZDOCK可以在Discovery Studio中使用。但是,关于是否有人安装过ZFOCK的问题,无法直接回答。要使用ZDOCK进行蛋白质对接计算,可以按照以下步骤操作:1. 准备好受体和配体蛋白的PDB文件。确保这些文件中没有缺失的原子或残基。如果存在缺失的部分,建议对这些部分进行建模。2. 在Discovery Studio中打开ZDOCK工具...
BIOVIA Discovery Studio(简称DS),是一款面向生命科学领域的综合分子建模和模拟软件,基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家,应用于蛋白质结构功能研究,以及药物发现。为科学家提供易用的...
蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别与相互作用的方法。在Discovery Studio中，ZDOCK是一种基于快速傅里叶变换相关性技术的刚性蛋白对接算法，用于搜索蛋白-蛋白系统的平动与转动空间。RDOCK则通过CHARMm的能量优化过程，优化ZDOCK找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型，并用能量打分函数评价这些构型。在进行计算时...
而Zdock的结果总是将两个蛋白叠合在一起，而不是对接起来。我再尝试其他一些小的蛋白，结果也是叠合...
快速而准确的蛋白-蛋白(核酸/多肽)复合物结构预测工具。Protein Docking采用经典可靠的ZDOCK算法预测蛋白-蛋白复合物结构,共包括ZDOCK、ZRANK、RDOCK三个计算模块。ZDOCK用于蛋白-蛋白刚性对接,ZRANK用于对ZDOCK得到的结构进行基于能量的重打分,RDOCK则基于CHARMm能量zui小化方法优化ZDOCK得到的结构。Discovery Studio中还提供...