Filter Poses功能也可以在ZDOCK运算完后单独运行,采用Process Poses(ZDOCK)protocol即可。 图2 “Dock Proteins(ZDOCK)”参数设置 运行ZDOCK并查看结果 点击Run运行作业,在对话框中观察作业运行状态。点击Background后台运行该作业。 该作业大概需要15分钟的时间(奔4处理器,2Gb的内存,2.8GHz的显示器)。 待作业完成以后,...
评分结果可见表格,其中ZDock score是计算出的形状互补性得分,分数越高越好;ZRank Score是计算出的对接pose的能量,分数越低越好(仅在参数ZRANK设置为Ture时才会展现,一般默认时Ture)。 RDOCK是使用CHARMm对ZDOCK刚体对接方法产出的Docked protein pose进行能量优化。运行前请将分子力场设置为 CHARMm Polar H 。 可以使用...
点击ZDockResult点状图标签,拖拽该窗口,以使能够同时看到ZDockReults窗口。 在View工具栏中,点击Select工具,选中ZDockResults窗口中一些ZDock打分高于12.0的点。 该操作共选取了11个pose,5个pose属于cluster2,4个pose属于cluster1,cluster3和5各包含一个pose。 3. 利用RDOCK优化对接构型 RDOCK优化 点击ZDockResults分子窗...
点击ZDockResult点状图标签,拖拽该窗口,以使能够同时看到ZDockReults窗口。 在View工具栏中,点击Select工具,选中ZDockResults窗口中一些ZDock打分高于12.0的点。 该操作共选取了11个pose,5个pose属于cluster2,4个pose属于cluster1,cluster3和5各包含一个pose。 3. 利用RDOCK优化对接构型 RDOCK优化 点击ZDockResults分子窗...
评分结果可见表格，其中ZDock score是计算出的形状互补性得分，分数越高越好，ZRank Score是计算出的对接...
Clustering参数如聚类数量、RMSD和Interface Cutoff，对于小体系，推荐设置RMSD Cutoff为6.0 Å，Interface Cutoff为9.0 Å，最大聚类数设为60，支持并行计算。任务完成后，深入分析ZDOCK结果，包括Score、Cluster、大小和相邻构象，ZRANK未启用时，Top Poses便是关键。同时，别忘了计算配体接口的...
ZDOCK用于蛋白-蛋白刚性对接,ZRANK用于对ZDOCK得到的结构进行基于能量的重打分,RDOCK则基于CHARMm能量*小化方法优化ZDOCK得到的结构。Discovery Studio中还提供对ZDOCK结果进行包括聚类分析在内的分析功能,帮助用户方便快速地缩小范围,锁定感兴趣的复合物结构。 ? DS Biopolymer DS Biopolymer模块整合了Delphi功能,为用户提供...
ZDOCK用于蛋白-蛋白刚性对接,ZRANK用于对ZDOCK得到的结构进行基于能量的重打分,RDOCK则基于CHARMm能量zui小化方法优化ZDOCK得到的结构。Discovery Studio中还提供对ZDOCK结果进行包括聚类分析在内的分析功能,帮助用户方便快速地缩小范围,锁定感兴趣的复合物结构。 • DS Biopolymer DS Biopolymer模块整合了Delphi功能,为用户...
共包括ZDOCK、ZRANK、RDOCK三个计算模块。ZDOCK用于蛋白-蛋白刚性对接,RDOCK则基于CHARMm能量zei小化方法优化ZDOCK得到的结构。Discovery Studio中还提供Process Pose protocol等强大的分析工具(ZRANK),实现对ZDOCK结果进行包括聚类分析在内的分析功能,帮助用户方便快速地缩小范围,锁定感兴趣的复合物结构。 • DS Biopolymer...