二、直播介绍 本次直播东方科软DS技术工程师将和大家分享一些关于Discovery Studio软件常见问题解答,比如: ZDOCK、CDOCKER对接后在Pymol打开后全是条状的错误? 蛋白质建模该使用AlphaFold2还是使用Discovery Studio? 柔性的分子对接该怎么做? …… 问题来源于B站评论区,QQ群或问题收集问卷。如果您有任何问题,本次直播都...
评分结果可见表格,其中ZDock score是计算出的形状互补性得分,分数越高越好;ZRank Score是计算出的对接pose的能量,分数越低越好(仅在参数ZRANK设置为Ture时才会展现,一般默认时Ture)。 RDOCK是使用CHARMm对ZDOCK刚体对接方法产出的Docked protein pose进行能量优化。运行前请将分子力场设置为 CHARMm Polar H 。 可以使用...
由于文献中描述了四聚体的结合位点，我就尝试用DS2.5中的Zdock来对接两个二聚体。而Zdock的结果总是...
蛋白-蛋白对接(ZDOCK) 在工具浏览器(Tools Explorer)中,展开Macromolecules | Dock and Analyze Protein Complexes,点击Dock Proteins(ZDOCK),打开Dock Proteins(ZDOCK)对话框。(图2) 设置Input Receptor Protein为2ptn:2ptn。 设置Input Ligand Protein为2ptn:2sta_I。 点击Angular Step Size右边的栅格,下拉列表中选...
评分结果可见表格，其中ZDock score是计算出的形状互补性得分，分数越高越好，ZRank Score是计算出的对接...
1. ZDOCK运算设定：打开受体和配体蛋白，设置参数，如角度大小、聚类参数等。2. 分析结果：展示聚类的中心pose，并通过ZDOCK分数评估对接构型。3. 结合构型图分析：通过不同方法观察对接构型，并选择ZDOCK结果进行RDOCK优化。4. RDOCK优化：优化选择的对接构型，比较优化前后的能量值，如静电势能、范德华能...
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些...
让我们跟随步骤，一起见证这个过程。首先，导入并预处理受体和配体蛋白，移除水分子，保持电中性。在Dock Proteins (ZDOCK)界面，设置受体与配体结构，调整Angular Step Size（建议设置15°采样），并排除结合位点的残基。接下来，设置Filter Poses参数，如距离阈值和必需的结合位点氨基酸。利用Receptor Blocked...
其主要的步骤包括: 1. 搜索用于建模的 template(s) 2. 将 target 与 templates 进行比较 3. 将步骤(2)中的比较信息用于建模 Discovery Studio 为用户提供了一整套利用 Homology Modeling 方法 自动预测蛋白质空 间结构的工具。用户只需要提供蛋白质的氨基酸序列就可以轻松完成模型构建及模型可信度 评估的工作。DS...
其主要的步骤包括: 1. 搜索用于建模的 template(s) 2. 将 target 与 templates 进行比较 3. 将步骤(2)中的比较信息用于建模 Discovery Studio 为用户提供了一整套利用 Homology Modeling 方法 自动预测蛋白质空 间结构的工具。用户只需要提供蛋白质的氨基酸序列就可以轻松完成模型构建及模型可信度 评估的工作。DS...