颜色范围从蓝色(少数pose)到红色(许多pose)。评分结果可见表格,其中ZDock score是计算出的形状互补性得分,分数越高越好;ZRank Score是计算出的对接pose的能量,分数越低越好(仅在参数ZRANK设置为Ture时才会展现,一般默认时Ture)。 RDOCK是使用CHARMm对ZDOCK刚体对接方法产出的Docked protein pose进行能量优化。运行前请将...
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白-蛋白的对接计算。 本教程中,我们以牛β-胰岛素(PDB 号:2PTN)作为受体蛋白,胰岛素抑制剂CMTI-I(PDB 号:2STA,I 链)将作为配体蛋白为例,使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接,并分析对接的结果。从中选取的一些结合构型,利用RDOCK 进行优化。 1.运行ZDOCK 首先导入受体蛋白...
ZDOCK与RDOCK：预测蛋白间互动的双剑合璧 ZDOCK凭借其快速傅里叶变换技术，生成结构模型，以ZRANK或ZDOCK分数进行排序，分数越高，表示对接效果越佳。而RDOCK则对ZDOCK的结果进行优化，力求找到最接近原生结构的配体位置。实战演示：牛β-胰岛素与CMTI-I的对接之旅 让我们跟随步骤，一起见证这个过程。首先，...
蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别与相互作用的方法。在Discovery Studio中，ZDOCK是一种基于快速傅里叶变换相关性技术的刚性蛋白对接算法，用于搜索蛋白-蛋白系统的平动与转动空间。RDOCK则通过CHARMm的能量优化过程，优化ZDOCK找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型，并用能量打分函数评价这些构型。在进行计算时...
由于文献中描述了四聚体的结合位点，我就尝试用DS2.5中的Zdock来对接两个二聚体。而Zdock的结果总是...
Discovery Studio “小灶”课程第7期:在分子活性预测上的应用(一)东方科软01-02 免费询价 杨志强 总经理 东方科软(北京)科技有限公司 最近服务的客户数:507家 在线聊打电话 热门视频 EPLAN Electric P8 全套视频教程-电气设计 Altair Coffee and Tech 系列丨对话 Altair全球业务发展总监:如何通过数字孪生实现变革性...
在允许ZDOCK之前首先要考虑输入的受体或者配体蛋白是否缺失的残基或原子，如果有应当首先建模，如果缺失的...
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些...
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白质的对接计算。ZDOCK是一种基于快速傅里叶转化相关性技术的刚性蛋白对接算法。算法中快速傅里叶转化相关性技术被用于搜索蛋白-蛋白系统的平动和转动空间。RDOCK是一种基于CHARMm的能量优化过程,用于优化ZDOCK所寻找到的蛋白-蛋白复合物的结合构型,并使用能量打分函数给这些...