结合自由能(binding free energy)是指存在于配体与受体之间的相互作用。随着药物-蛋白相互作用理论研究的不断深入以及计算机辅助技术的快速发展,自由能计算方法日渐完善。如最为经典的自由能微扰方法和热力学积分方法,这类方法原理上比较严格,计算结果也比较精确,但需要长时间的数据采集,对计算体系有严格的限制,在药物设...
人们通常期望找到一种非常有利的静电能和一种不利的溶剂化自由能。这象征着人们必须使用的能量来使结合颗粒去溶剂化并对齐其结合界面。 从负的总结合自由能为-86.36 kcal / mol,我们可以清楚地看到,这是纯水中的一种有利的蛋白质-蛋白质复合物,但请记住,由于我们没有估算(不利于)熵对结合的贡献。请注意,GB方...
蛋白-蛋白相互作用结合自由能计算蛋白残基突变ASGB热力学积分蛋白-蛋白相互作用是蛋白质在生物体中发挥生理作用的一个重要途径.本文围绕蛋白-蛋白复合物体系结合自由能计算这一主题,通过分子动力学模拟等方法,以蛋白残基突变对蛋白-蛋白复合物结合自由能的影响为重点.开展了如下研究工作:1,对组蛋白甲基化结构H4K20me2/...
二、并行计算Ras-Raf的结合自由能。 现在,我们将计算复合物,受体和配体的相互作用能和溶剂化自由能,并对结果求平均值,以获得结合自由能的估计值。请注意,在本教程的这一部分中,我们将不会计算熵对绑定的贡献,因此严格来说,我们的结果将不是真正的自由能,但可用于与类似系统进行比较。有关使用正态分析(Nmode)...
专题一:CADD 蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽等) 生物分子互作基础、蛋白数据库、蛋白结构分析、同源建模、 小分子构建、小分子化合物库、生物分子相互作用Ⅰ、生物分子相互作用II 、虚…
1.计算结合自由能。跑300ns是否足够，还是需要加大时间尺度甚至达到μs级别? 通过gmx_MMPBSA计算结合自由...
一:CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽) 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍
BFEE2仅需要蛋白质-配体结合复合体就可以进行自由能计算,不仅提供GUI方便使用,也提供CLI方便批量计算,兼顾易用性和专业性,使更广大的用户群体可以进行更可靠准确的绝对结合自由能计算。不管是炼金术(alchemical)路线还是几何(geometrical)路线, 准确的绝对自由能计算都分包含多个步骤, 且需要引入几何约束。然而人为干预,...
说明书 生活娱乐 搜试试 续费VIP 立即续费VIP 会员中心 VIP福利社 VIP免费专区 VIP专属特权 客户端 登录 百度文库 互联网 计算机基础fep自由能微扰算法计算蛋白结合fep自由能微扰算法计算蛋白结合 ©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
(54)发明名称基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法(57)摘要本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法,包括以下步骤:分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件;对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理,删除Amber软件不能读取的氢原子;对配体分子的pdb文件借助antechamber工具,将pdb...