结合自由能(binding free energy)是指存在于配体与受体之间的相互作用。随着药物-蛋白相互作用理论研究的不断深入以及计算机辅助技术的快速发展,自由能计算方法日渐完善。如最为经典的自由能微扰方法和热力学积分方法,这类方法原理上比较严格,计算结果也比较精确,但需要长时间的数据采集,对计算体系有严格的限制,在药物设...
蛋白质结合能(binding energy)是指蛋白质与其他分子之间的吸引力和排斥力之间的相互作用能力。计算蛋白质结合能可以帮助我们了解蛋白质与其他分子的相互作用过程,进而为药物设计和研发提供指导。 在蛋白质结合能计算中,我们通常使用不同的力场模型来描述蛋白质与其他分子之间的相互作用过程,如分子力场(molecular mechanics...
利用amber自带的MMPBSA.py计算两个蛋白之间的结合能，当输入文件中的igb值设置成5时，计算出来的结合能...
我用mmpbsa方法对两个蛋白结合能进行计算，其中蛋白A带很多正电，蛋白B带少量负电。得到的结果发现mm中...
蛋白质-蛋白质相互作用是各种生物过程中非常重要的一部分,蛋白-蛋白相互作用研究中计算其结合自由能是非常关键的一部分,通过计算结合自由能我们可以判断结合的结构是否稳定,但是理论上计算蛋白质-蛋白质结合自由能仍然是一个巨大的挑战。传统的计算结合自由能的方法如自由能微扰、热力学积分、伞形抽样等往往涉及到计算一...
我们设计了一个基于XO复合计算化学方法和密度泛函理论的蛋白-配体结合能计算方法。该方法利用密度泛函理论的高精度准确描述蛋白药物间相互作用,同时利用XO复合计算化学方法对巨大蛋白质-配体复合体系进行分块计算以显著降低计算量。由于包括溶剂化作用和熵变都可以由密度泛函理论计算得到,因此与当前流行的蛋白药物相互作用...
结合能计算:我们还可以为您计算小分子与蛋白质的结合能,提供更精确的数值结果。 价格优惠:一个蛋白加一个化合物的结合能计算服务仅需8元,而整体图和局部图的可视化呈现服务也仅需7元。通过这些服务,您可以更好地理解分子对接的过程和结果,为后续的科研工作提供有力支持。
1. 使用一个晶体结构代表一种配体-蛋白复合物的COMBINE分析 为了评价COMBINE分析中纳入蛋白质柔性的有用性,作者使用来自X射线晶体学的一个能量最小化结构来表示每个配体-蛋白质复合物并获得相互作用能。作者计算了训练集中22种 p38 MAP 激酶抑制剂中每一种抑制剂与348个残基的348个静电和 348个范德华相互作用能。
显然是蛋白，你自己看蛋白拓扑中的`[ atoms ]`部分就知道了，肯定有2C/3C，g_mmpbsa可以指定找不到...