图4可以发现蛋白质序列和结构对于不同的任务有各自的优势，序列的表征更有利于二者结合强度预测，而结构...
因此作者设计了一个通用的模型DeepPBS应用于结合特异性预测任务，并通过提取蛋白质重原子的重要性评分来帮助研究人员理解蛋白质-DNA界面的相互作用。总之，DeepPBS模型不仅在预测蛋白质与DNA结合的任务中彰显了其显著的预测性能，而且为蛋白质工程和合成生物学等领域提供了宝贵的理论基础和见解。01 引言 转录因子在各种调...
蛋白质相互作用结合亲和力的预测对于生物医学领域具有很多应用价值。可以通过预测蛋白质相互作用结合亲和力来设计和筛选药物靶点,开发新的蛋白质相互作用抑制剂或者激活剂;还可以通过预测蛋白质相互作用结合亲和力来分析蛋白质-蛋白质相互作用网络,揭示生物学过程的调控机制。 5.结语 蛋白质相互作用结合亲和力的预测是生物学研...
双杂交系统：在酵母等模型生物中检测蛋白质之间的物理相互作用，可以间接推断结合位点。共免疫沉淀（Co-im...
经过训练可以预测蛋白质-蛋白质相互作用界面,PeSTo 优于现有技术。预测其他类型结合界面的训练非常简单,因为该方法不依赖于物理化学特征的任何明确参数化。因此,也很容易产生对蛋白质与核酸、脂质、配体和离子相互作用的可靠预测。 论文表明,蛋白质原子坐标的几何变换足以以高分辨率检测和分类蛋白质结合界面,超越其他已有...
蛋白互作结合位点指的是能够与其他蛋白相互作用的蛋白质上的特定区域,也称为“功能域”。 2. 蛋白互作结合位点预测方法 目前,蛋白互作结合位点预测方法主要分为四种: a. 基于结构的预测法 基于蛋白质结构分析预测蛋白质结合位点,一般来说这种方法预测效果较好。 b. 基于序列的预测法 基于蛋白质序列信息预测结合位点...
今天为大家介绍的是来自Matteo Dal Peraro团队的一篇关于预测蛋白质结合的论文。蛋白质是生命的重要分子组成部分,由于其特定的分子相互作用而负责大多数生物功能。然而,预测它们的结合界面仍然是一个挑战。作者…
这两年生信热点方向的更新是越来越快,只有抓住机会做一波吃螃蟹的人才能抢占发文红利期!今天光宝要介绍的是马诺华生物医学研究所Philip Hartout团队在Bioinformatics杂志上所发表的一篇文章。主要组织相容性复合物II类相关的肽(MHCII)是评估治疗药物和药物原型免疫调节
经过训练可以预测蛋白质-蛋白质相互作用界面,PeSTo 优于现有技术。预测其他类型结合界面的训练非常简单,因为该方法不依赖于物理化学特征的任何明确参数化。因此,也很容易产生对蛋白质与核酸、脂质、配体和离子相互作用的可靠预测。 论文表明,蛋白质原子坐标的几何变换足以以高分辨率检测和分类蛋白质结合界面,超越其他已有...
上海交通大学和中山大学的研究人员提出了 DeepProSite，用于利用蛋白质结构和序列信息来识别蛋白质结合位点。DeepProSite 首先从 ESMFold 生成蛋白质结构，并从预训练的语言模型生成序列表示。然后，它使用 Graph Transformer 并将结合位点预测制定为图节点分类。在预测蛋白质-蛋白质/肽结合位点时，DeepProSite 在大多数...