1.蛋白序列获取 通过uniprot数据库可以检索到蛋白的氨基酸序列,以及蛋白是否有已知的晶体结构,蛋白的功能区域,表观修饰等信息。 2.初步预测蛋白相互作用 通过string数据库可以预测两个蛋白之间是否存在相互作用,也可以使用PPA-Pred2软件基于蛋白的氨基酸序列来初步预测蛋白和蛋白之间的结合力。 3.蛋白结构模拟 如果PDB数据...
因此,我们想要对所对接得到的结果进行分析的时候,通常需要通过pymol自带的脚本来自动定义对接的界面。 本文通过对丙酮酸激酶M1(Pyruvate Kinase M1,PKM1)是作为研究对象,在PDB数据库网站(https://www.pdbus.org/)搜索4RPP。由于4RPP为四聚体的化合物,分为A、B、C和D链,可以以此来模拟蛋白互作,作为练习。且蛋...
1、打开PyMOL软件,File-open-打开上面导出的pdbqt文件(图1) 2、选中大分子蛋白 点击右下角S,然后点击Selecting后面的红色文字,使其显示为Chains,然后点击中间界面中蛋白质任意位置,蛋白质表面出现较多红色点,然后点击右侧(sele)后面的A,选择rename selection。(图2) 3、将选中的蛋白名称修改为protein,或者在选中蛋白...
带您一步步实操学习蛋白结构分析、同源建模、虚拟筛选、分子对接(半柔性、柔性对接、蛋白-蛋白、蛋白-多肽、金属酶蛋白-配体、核酸-小分子、共价对接等)、药效团模型、定量构效关系、碎片化药物设计、Gromacs 分子动力学模拟与结果分析,并以实例讲解与练习为主,达到即学
1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析 ...
蛋白质蛋白质对接方法的分析分析化学专业论文.docx,摘摘要 蛋白质一蛋白质相互作用与识别的研究是分子生物学领域的重要课题。由于 实验测定蛋白质复合物结构的困难,目前,通过计算机模拟来预测分子间结合 模式的对接方法受到了很大的关注。分子对接的最终目的是预测未知
pdbepisa蛋白质对接相互作用zdock分子 山东大学生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分)蛋白质-蛋白质分子对接:相互作用面分析PDBePISA用ZDOCK软件预测出两个蛋白质最有可能的结合方式之后,还需要对预测的对接结果进行进一步分析。PDBePISA(http://...
04结果可视化分析: 重新打开AutoDock软件,点击analyze-dockings-open打开.dlg结果文件,点击analyze- macromolecule-open打开蛋白分子。最后点击analyze-conformations-play ranked by energy根据结合能大小展示对接结果,点击1处红框按钮弹出下方界面,勾选2处√会显示右边对接信息窗口,勾选3处查看氢键。最后可以点击4处按钮导...
,看看具体的互作位点,或者化合物与蛋白对接的结合位点…… 蛋白和化合物的分子对接也是一样的 : 或者是展示一下蛋白与DNA/RNA的结合序列 : 具体序列的结合差不多就是这样了 : 这个工具还是蛮有意思的,可以分析分析蛋白互作, 以及化合物和蛋白的分子对接,这个可比STRING来得直接得多了呢…… 好了,有兴趣的话可...
这个工具支持零基础,零代码,基于靶蛋白的小分子、多肽、蛋白对接分析,高清结果图可在论文中直接使用。#科研者之家 #论文 #科研 #分子对接 - 科研者之家于20230824发布在抖音,已经收获了8.2万个喜欢,来抖音,记录美好生活!