(a)ZmR1结合的置信度高的两种motifs, “GATCAATGGCCA”和“GAGGWGTMBGWG”的motifs E值分别是 4.6e-311和1.3e-268。(b) 由DAP-seq鉴定的ZmR1的靶基因富集的前20个代谢途径。(c) RNA-seq分析CQ01和B73的中脉,鉴定了DEGs富集的前20个代谢途径。(d) RNA-seq分析野生型和过表达ZmR1CQ01的京724的叶片,鉴...
2023年7月11日,郑州大学与中棉所棉花生物学国家重点实验室的研究成果发表在New Phytologist(IF=9.4,Q1区)期刊上,题目为“GhRCD1 regulates cotton somatic embryogenesis by modulating the GhMYC3-GhMYB44-GhLBD18 transcriptional cascade”。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉GhMYC3的结合基序和靶...
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR1功能分子标记物。以上结果揭示了转录调控和序列变异对ZmR1功能的影响,并在全...
6. BcERF070通过直接与BcBBX29启动子结合增强其表达 采用DAP-seq分析可视化观察到在Bcc29的启动子区域存在较强的BcERF070结合峰,以及在BcBBX29的启动子上可能存在结合区域。Y1H、Dual-LUC报告实验、EMSA实验进一步验证了BcERF070与BcBBX29启动子结合并激活其表达。与对照株系相比,BcBBX29沉默株系的开花时间更早、...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了小白菜中BcERF070的下游靶基因,揭示了BcERF070响应乙烯抑制小白菜开花的潜在分子机制。 1.BcERF070响应乙烯,延缓小白菜开花 在外源乙烯处理条件下,小白菜开花延迟,莲座叶数量增加,BcERF070的表达增加,并在处理2 h时达到峰值。此外,BcERF070的转录水平在整个营养生长期...
【录播视频】DAP-seq技术在生物学研究中的应用 DAP-seq技术能够高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点,鉴定下游靶基因。蓝景科信可为您提供DAP-seq全流程技术服务和个性化数据分析,具有100多个物种,1000多个转录因子的实验经验。我们的DAP-seq技术服务,已助力许多科研院所及高校的客户成功发表文章。
本研究使用DAP-seq和RNA-seq方法,揭示了水稻生物钟核心组分OsCCA1通过直接结合和调控OsPP2Cs和OsbZIP46基因来协调ABA信号网络增强水稻对多种非生物胁迫适应性的分子机制。该研究为生物钟调控水稻耐逆性提供了新的理论依据,为研发具有多重抗逆性的水稻品种提供了设计育种的靶点和优质遗传资源。
表观遗传学研究中,转录因子调控位点的发掘一直是一个难题,ChIP作为一个经典的技术存在很多弊端,最主要的抗体问题,对于非模式植物更难入手,DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验,是研究非模式植物的顺反组的有利技术。本实验室先后在水稻,小麦,玉米,苜蓿,大豆,百脉
DAP-seq鉴定的ZmR1靶基因和RNA-seq鉴定的差异表达基因(DEGs)富集的代谢途径 DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了陆地棉中BR信号通路核心转录因子GhBES1.4的结合基序和靶基因。揭示了GhBES1.4介导的BR调控棉纤维伸长的网络,为培育陆地棉优质纤维新品种提供了宝贵的基因资源。 该研究通过DAP-seq技术,鉴定出1531个GhBES1.4结合的靶基因,筛选出5个GhBES1.4识别的基序。过表达GhBES1.4...