cadmium by regulating the GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1 transcriptional cascade” 。该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)等分子相互作用研究方法,发现了调节棉花Cd2+耐受性的分子级联反应,揭示了GhRCD1通过调控GhbHLH12-GhMYB44-GhHMA1转录级联通路响应镉胁迫的分子机制,为培育耐镉棉花新品种和通过植物修复手段降低镉污...
DAP-seq结果显示GhbHLH12在GhMYB44的启动子区域有显著富集,而后,Y1H和EMSA实验证实了GhbHLH12蛋白和GhMYB44的结合基序G-box相互作用。LUC/REN报告实验表明GhbHLH12抑制GhMYB44的转录,而GhRCD1可以减弱GhbHLH12对GhMYB44的抑制作用,EMSA结果也表明GhRCD1减弱了GhbHLH12与GhMYB44的结合,结合RT-qPCR实验结果,说明GhR...
6. BcERF070通过直接与BcBBX29启动子结合增强其表达 采用DAP-seq分析可视化观察到在Bcc29的启动子区域存在较强的BcERF070结合峰,以及在BcBBX29的启动子上可能存在结合区域。Y1H、Dual-LUC报告实验、EMSA实验进一步验证了BcERF070与BcBBX29启动子结合并激活其表达。与对照株系相比,BcBBX29沉默株系的开花时间更早、...
干旱胁迫下在PtoWRKY68hap1和PtoWRKY68hap2两个单倍型群体之间有164个基因的表达存在显著差异,说明这些基因的表达受到PtoWRKY68等位基因变异的影响。采用DAP-seq技术分别鉴定了PtoWRKY68hap1和PtoWRKY68hap2的核心结合基序W1-box和W2-box及其靶点。KEGG分析发现靶基因主要富集于防御反应和植物激素信号通路中。基于DEGs、...
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR1功能分子标记物。以上结果揭示了转录调控和序列变异对ZmR1功能的影响,并在全...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了小白菜中BcERF070的下游靶基因,揭示了BcERF070响应乙烯抑制小白菜开花的潜在分子机制。 1.BcERF070响应乙烯,延缓小白菜开花 在外源乙烯处理条件下,小白菜开花延迟,莲座叶数量增加,BcERF070的表达增加,并在处理2 h时达到峰值。此外,BcERF070的转录水平在整个营养生长期...
表观遗传学研究中,转录因子调控位点的发掘一直是一个难题,ChIP作为一个经典的技术存在很多弊端,最主要的抗体问题,对于非模式植物更难入手,DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验,是研究非模式植物的顺反组的有利技术。本实验室先后在水稻,小麦,玉米,苜蓿,大豆,百脉
通过DAP-seq技术鉴定了NAC094在全基因组上的调控靶基因。利用EMSA以及转录激活实验对衰老相关基因(SAGs)进行互作验证。溶菌酶(LYS)与半胱氨酸蛋白酶(CYPs)参与了根瘤衰老过程中蛋白质的降解和细胞裂解过程。铜转运蛋白(COPT)和肽转运蛋白(PTR)参与了根瘤衰老过程中营养物质的回收利用。
DNA亲和纯化DAP-seq/ChIP测序应用于非模式生物水稻小麦玉米苜蓿大豆百脉根等,表观遗传学研究中,转录因子调控位点的发掘一直是一个难题,ChIP作为一个经典的技术存在很多弊端,最主要的抗体问题,对于非模式植物更难入手,DAP-seq作为Chip同样功能的体外实验,是研究非模式植物的顺反组的有利技术。br/本实验室先后在水稻,小...
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR1功能分子标记物。以上结果揭示了转录调控和序列变异对ZmR1功能的影响,并在全...