1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)ATAC-seq + DAP-seq关联:在体外环境下最大限度还原Chip-seq...
本研究通过转录组与DAP-seq关联研究思路分析目标转录因子与差异基因之间的调控网络关系。进阶式转录组与DAP-seq关联研究思路是目前应用较为广泛的研究思路。 基迪奥DAP-seq产品可以为各种模式生物和非模式生物的研究提供有效的体外蛋白表达的新方法和研究思路。我们在行业内具有领先的项目经验,项目数已达1000+,合作发表文...
DAP-seq的特点主要体现在以下几个方面:首先,高通量检测能力使其能够一次性检测成千上万的转录因子结合位点,大大提高了研究效率;其次,无需为每个转录因子制备特异性抗体,节约了时间和资源;再者,该技术具有跨物种应用潜力,无论是模式物种还是非模式物种,都能提供准确的数据;最后,多年的多物种实验...
RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR1功能分子标记物。以上结果揭示了转录调控和序列变异对ZmR1功能的影响,并在全基因组水平上鉴定了ZmR1CQ01的靶基因。 图7:过表达ZmR1CQ01玉米京724的应用 (a) 过表达ZmR...
通过DAP-seq实验,找到了OsABI5直接调控的OsAPX1基因,其编码产物促进H2O2清除以维持氧化还原稳态,这对种子萌发至关重要。 图1. 褪黑素对OsAPX1表达的影响 (a) WT、sgtl、sgtl-labi5和abi5材料在铬(Cr)胁迫7天后OsAPX1的表达情况。(b) WTempty、OEl、OE2、OE3、sgtl-labi5-ICOMAS、sgtl-labi5-2COMAS、...
DAP-seq技术采用体外表达标签蛋白,将表达产物与目标基因组序列进行结合,不需要特异性抗体,不需要转基因,可用于没有稳定遗传转化体系的物种,并且DAP-seq技术实验时间更短。相比于pCUT&Tag,没有制备植物原生质体的技术限制,对构建转录因子调控网络方面具有很好的应用前景。但是DAP-seq是体外实验,因此无法真实反映体内转录...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了小白菜中BcERF070的下游靶基因,揭示了BcERF070响应乙烯抑制小白菜开花的潜在分子机制。 1. BcERF070响应乙烯,延缓小白菜开花 在外源乙烯处理条件下,小白菜开花延迟,莲座叶数量增加,BcERF070的表达增加,并在处理2 h时达到峰值。此外,BcERF070的转录水平在整个营养生长...
该研究使用DNA亲和纯化测序(DAP-seq)技术鉴定了小白菜中BcERF070的下游靶基因,揭示了BcERF070响应乙烯抑制小白菜开花的潜在分子机制。 1.BcERF070响应乙烯,延缓小白菜开花 在外源乙烯处理条件下,小白菜开花延迟,莲座叶数量增加,BcERF070的表达增加,并在处理2 h时达到峰值。此外,BcERF070的转录水平在整个营养生长期...
DNA亲和纯化测序(DAP-seq)结果显示,ZmR1CQ01靶向了1010个基因,其中包括花青素合成途径中的Bz2。RNA-seq分析显示,ZmR1CQ01靶向的55个基因的表达水平显著改变,其中类黄酮和苯丙素生物合成途径中关键酶的基因表达显著上调。随后,又开发了ZmR1功能分子标记物。以上结果揭示了转录调控和序列变异对ZmR1功能的影响,并在全...