03 转录组+DAP-seq关联 为了进一步确定SlBEL11调控的具体靶基因,将DAP-seq数据与转录组分析结合分析发现,SIBEL11-RNAi敲除株中与SlBEL11结合的有556个上调基因和302个下调基因,这些重叠基因在次生代谢物合成途径和植物激素信号转导等途径中显著富集。但是,在这些基因中并没有检测到任何类黄酮生物合成的基因,由此结果...
1.从基因角度出发 在“03.peak/01.peak_annotation”表格中记录着peak的详细信息,包括:在染色体上具体位置、长度、峰顶所在染色体的位置、显著性、富集倍数、落在某个基因的哪个位置、统计距离最近基因以及这些基因的在不同数据库的注释结果。 如果前期做过其它实验或者通过文献查找已经有了关注基因,那么直接搜索基因id...
于是,我们完全可以使用 TBtools 在 Windows下,界面化,点点鼠标(后续有时间再增加 MacOS - 这个太简单,不想整)进行 ChIPseq/DAPseq 甚至是 ATACseq 等数据分析。 整体步骤简单: 使用BWA-MEM2 插件将读段回帖到基因组上 使用SAMtools 插件进行排序和重复标记(去除) 使用MACS2 插件进行 Peak Calling 下述,逐点演示...
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,和基因组DNA文库在体外进行结合,然后分离出所有与转录因子结合的DNA,再使用高通量测序,找到转录因子的结合位点。2、DAP-seq和ChIP-seq的特点3、关于蓝景科信蓝景科信提供DAP-seq全流程技术服务+个性化数据分析,与中国科学院、中国农业...
至于「MACS2 GUI Wrapper」,这个插件出现后,可以让所有「TBtools」用户轻松在不同平台,如「Windows」或者「MacOS」上,从原始测序数据到 Peaks,自主完成分析。相比于其他所有解决策略,「TBtools」是最为简单的本地化分析策略,只要你有数据,也有安装「TBtools」就可以,一键安装插件,一键完成分析。
DAP-seq数据分析软件是由上海嘉因生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR0756138,属于分类,想要查询更多关于DAP-seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
DAP-seq实验流程 | 组织材料:基因组DNA提取--->gDNA⽚段化--->DAP library---|转录因⼦:构建蛋⽩表达载体体外蛋⽩表达⽂库蛋⽩结合--->亲和纯化--->结合⽂库洗脱--->终⽂库扩增--->上机测序--->数据分析#表观遗传学 发布于 2023-10-06 19:54・IP 属地天津 3 人喜欢 分享...
DAP-SEQ数据管理系统是由蓝景科信河北生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2020SR0499400,属于分类,想要查询更多关于DAP-SEQ数据管理系统著作的著作权信息就到天眼查官网!
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