利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。DAP-seq分析结果鉴定出63367个peak(富集区域),其中9754个(15.4%)结合位点位于启动子(ATG上游≤2 kb)区域。DAP-seq分析结果还检测到6507个特有基因的启动子区域中47923个motif序列,其中SlBEL11最显著的结合motif是“TYTTTTTCTTTYT”。 03 转录组+DAP-seq关联 为了...
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DAP-seq高通量测序数据分析软件是由武汉康测科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1435940,属于分类,想要查询更多关于DAP-seq高通量测序数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
1、DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。然而,ChIP-seq依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq通常在规模上受到限制,难以进行高通量扩展。因此,只有少数转录因子可以获得结合位点信息,...
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DAP-seq实验流程 | 组织材料:基因组DNA提取--->gDNA⽚段化--->DAP library---|转录因⼦:构建蛋⽩表达载体体外蛋⽩表达⽂库蛋⽩结合--->亲和纯化--->结合⽂库洗脱--->终⽂库扩增--->上机测序--->数据分析#表观遗传学 发布于 2023-10-06 19:54・IP 属地天津 3 人喜欢 分享...
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DAP-seq数据分析 产品详情 蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。
研究思路一:单一式DAP-seq研究 针对模式物种,单一式DAP-seq分析可以通过以下两种研究手段实现: 1)“基因家族式”研究:目标基因已知,研究特定基因家族对转录因子的调控。 2)“物种式”研究:物种已知,研究特定物种全部的转录因子结合位点信息。 图4 基迪奥“基因家族式”DAP-seq 研究分析流程 ...