3. 分析流程 (1)首先会对Raw data进行质控以及数据过滤,包括接头的过滤以及低质量数据的过滤,并且对过滤完成的clean data进行质控;(2)利用clean data进行参考基因组序列比对,也就是看一下测序获得的这些reads是位于基因组上的哪些位置;(3)比对完成后会生成bam文件,利用软件对bam文件进行call peak,简单来看就是看在...
(62)峰的分析。在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库...
蓝景科信DAP-se..1、DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。
DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务——高通量检测转录因子或DNA结合蛋白在基因组上的结合位点。 在功能基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更...
DAP-seq 技术实验流程和原理和适用物种(对象)范围 DAP-seq 在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法。然而,ChIP-seq 依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq 通常在规模上受到限制,难以进行...
RNA-seq和ChIP-seq测序：分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位：利用Connectivity Map数据库，基于GR...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
DAP-seq 实验流程 主要步骤包括 DNA 文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库 PCR 加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。 文库构建与基因组 DNA 提取:从组织材料中提取全基因组 DNA 后,对 DNA 进行片段化处理,接着,将这些片段化的 DNA 连接到基于 Illumina 的测序接头上,以此构建基因组 DNA 文库。
DAP-seq具有与ChIP-seq同样的功能。通过体外蛋白表达技术，表达出带有标签的转录因子，和基因组DNA文库在体外进行结合，然后分离出所有与转录因子结合的DNA，再使用高通量测序，找到转录因子的结合位点。2、DAP-seq和ChIP-seq的特点 3、关于蓝景科信 蓝景科信提供DAP-seq全流程技术服务+个性化数据分析，与中国科学院、...