3. 分析流程 (1)首先会对Raw data进行质控以及数据过滤,包括接头的过滤以及低质量数据的过滤,并且对过滤完成的clean data进行质控;(2)利用clean data进行参考基因组序列比对,也就是看一下测序获得的这些reads是位于基因组上的哪些位置;(3)比对完成后会生成bam文件,利用软件对bam文件进行call peak,简单来看就是看在...
1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)ATAC-seq + DAP-seq关联:在体外环境下最大限度还原Chip-seq...
(62)峰的分析。在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库...
虽然磁珠可以吸附Halo Tag-TF2单体,但在没有结合DNA的情况下,将检测不到它们的峰值;(b)通过DAP-seq和dDAP-seq检测到的所有C/S1 bZIPs的峰数量;(c)C/S1 bZIPs同源二聚体和异源二聚体在已知靶基因ASN1(AT3G47340)上的DAP-seq和dDAP-seq结合图谱;(d)比较S1同源二聚体、S1:C异源二聚体和A组、B组、D...
至于RNA-seq数据,其分析流程与DAP-seq有所不同,但同样包括数据质控、比对、定量表达分析等关键步骤。不过,由于问题主要聚焦于DAP-seq,所以这里不对RNA-seq的分析流程做详细展开。 综上所述,分析DAP-seq与RNA-seq数据需要专业的知识和工具,以及严谨的分析流程。如果您需要更详细的分析报告或定制化的分析服务,欢迎联系...
RNA-seq和ChIP-seq测序：分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位：利用Connectivity Map数据库，基于GR...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。 品牌其他品牌适用领域科研 ...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
DAP-seq可以分为以下三个阶段 转录因子的无细胞表达 1、将转录因子TF蛋白连上一个Halo 标签，这个标签...
知识 科学科普 植物 蛋白DNA互作三大技术 如何进行DAP-seq的数据挖掘? DAP-seq实验流程是什么样? DAP-seq、ChIP-seq差异 DAP-seq的技术 利用DAP-seq进行植物转录因子研究 转录因子简介 DAP-seq产品技术与分析 靶基因的筛选与验证爱基百客 发消息 每人限领1张!移动200G流量卡 中国移动流量卡 爱基论坛 (6/7) ...