3. 分析流程 (1)首先会对Raw data进行质控以及数据过滤,包括接头的过滤以及低质量数据的过滤,并且对过滤完成的clean data进行质控;(2)利用clean data进行参考基因组序列比对,也就是看一下测序获得的这些reads是位于基因组上的哪些位置;(3)比对完成后会生成bam文件,利用软件对bam文件进行call peak,简单来看就是看在...
(62)峰的分析。在基因组浏览器(如Integrative Genomics Viewer31)中检查映射读取和峰值文件(BED或窄峰格式),并将峰值与阴性对照样本进行比较。成功的DAP-seq实验通常会产生5%的波峰读数,并在背景中产生大量富集的波峰。如模因基序发现软件(http://meme-suite.org/)所产生的丰富基序可以与已知tf结合位点的综合数据库...
1)ATAC-seq研究:利用ATAC-seq分析结果,当候选转录因子的结合位点序列(motif)已知时,可以获得目标转录因子开放染色质区域对下游基因表达的调控作用,且可以同时检测核小体的转录调控效应。 2)DAP-seq研究:利用DAP-seq分析结果,获得上游转录调控因子信息。 3)ATAC-seq + DAP-seq关联:在体外环境下最大限度还原Chip-seq...
蓝景科信DAP-se..1、DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。
2. 准备DAP-seq实验产生的数据 DAP-seq实验会产生大量的测序数据,这些数据通常以FASTQ格式存储,包含了测序读段(reads)及其质量信息。此外,还需要有参考基因组序列,以便将测序读段定位到基因组上。 3. 确定数据分析的目标和方法 DAP-seq数据分析的主要目标是鉴定出与特定蛋白结合的DNA序列。这通常包括以下几个步骤:...
DAP-seq 实验流程 主要步骤包括 DNA 文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库 PCR 加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。 文库构建与基因组 DNA 提取:从组织材料中提取全基因组 DNA 后,对 DNA 进行片段化处理,接着,将这些片段化的 DNA 连接到基于 Illumina 的测序接头上,以此构建基因组 DNA 文库。
四、DAP-seq实验流程 五、DAP-seq生信分析内容 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描(peak calling) 5.Peak长度分布统计 6.Peak在基因功能元件上的分布统计 7.Peak序列模式发掘(motif search) ...
DAP-seq 技术实验流程和原理和适用物种(对象)范围 DAP-seq 在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq 是进行体内检测 TFBS 的主要方法。然而,ChIP-seq 依赖于抗体质量,这对低表达的蛋白质具有很大的挑战性。所以,ChIP-seq 通常在规模上受到限制,难以进行...
DAP-seq是ChIP-seq的重要补充方法,可以应用于模式和非模式物种,一般来说,有参考基因组的物种都可以进行DAP-seq,如果没有参考基因组,数据下机之后是无法进行数据分析的,但是可以考虑使用近缘物种的参考基因组进行分析。 技术流程 蓝景科信客户发表文章有: