文章综合重测序、转录组和DAP-seq三个技术构建了以zbed1为中心SSD调控机制。 图2 A. GWAS分析的曼哈顿图;B.25个相关基因的表达量热图,FP,雌性垂体, FB,雌性大脑,FG,雌性性腺,FL,雌性肝,MP,雄性垂体,MB,雄性大脑,MG,雄性性腺,ML,雄性肝;C. DAP-seq各个染色体的peak数目;D. DAP-seq的peak相关基因的GO富集...
接下来,作者将DAP-seq鉴定的基因与拟南芥基因组进行比对,以鉴定同源基因。将同源基因与ChIP-seq和RNA-seq联合分析获得的基因进行了比较,找到2个共有基因:GRP3, evm.model.Chr11.1131和WRKY28,evm.model.Chr5.1036,这两个基因在MeGI-OX株系中的表达量均高于对照系,并在雌株和雄株油柿中进行了验证(图7C、D)。...
研究发现，转录因子MeGI通过调控昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因，影响油柿的性别控制功能。该研究使用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术，结合油柿和拟南芥的实验，揭示了MeGI的调控机制。油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出...
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作者通过zbed1的体外表达进行DAP-seq,共得到1352个peak,并主要分布在第1、14、8号染色体上,peak相关基因富集到轴突导向和再生、hippo信号通路、细胞周期等通路,并可在转录组数据中检测到高表达,camsap1更是在GWAS中与显著SNP相关的基因。文章后续通过MEME对zbed1的motif结构进行了分析。文章综合重测序、转录组和DAP-...
在本研究中,作者以转录因子MeGI为切入点,主要通过ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq等多组学技术联合分析,以此探究MeGI的调控机制,并提出一种MeGI介导的油柿性别决定模型。本研究为人工诱导优良雄性柿种质资源、高效杂交育种选育新的柿品种提供了理论依据。图9 MeGI介导的油柿性别决定模型 ...