3. 分析流程 (1)首先会对Raw data进行质控以及数据过滤,包括接头的过滤以及低质量数据的过滤,并且对过滤完成的clean data进行质控;(2)利用clean data进行参考基因组序列比对,也就是看一下测序获得的这些reads是位于基因组上的哪些位置;(3)比对完成后会生成bam文件,利用软件对bam文件进行call peak,简单来看就是看在...
(49)在一个干净的PCR板内加入如下表的各个组分,每孔总体积25μl。 关键步骤:为便于后期分析,每孔需设置index. (50)第48步的反应板室温3000g快速离心5秒,后放置在磁力架上,每孔取出25μl上清,放置于第49步的PCR反应板内。 (51)封板膜密封上述PCR反应板,混匀,室温3000g快速离心5秒,按照如下条件进行PCR扩...
RNA-seq和ChIP-seq测序：分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位：利用Connectivity Map数据库，基于GR...
DAP-seq 实验流程 主要步骤包括 DNA 文库构建、蛋白表达、蛋白与文库的结合反应、文库 PCR 加接头及定量检测、上机测序、生信分析等。 文库构建与基因组 DNA 提取:从组织材料中提取全基因组 DNA 后,对 DNA 进行片段化处理,接着,将这些片段化的 DNA 连接到基于 Illumina 的测序接头上,以此构建基因组 DNA 文库。...
蓝景科信DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术服务实验分析流程 100+物种,1000+转录因子的实战经验。 无需抗体,高通量鉴定转录因子的下游基因,蓝景科信已助力客户在许多期刊发表文章,例如:Molecular Plant,The Plant Cell,Plant Physiology等。 品牌其他品牌适用领域科研 ...
下面我将从实验步骤的角度来介绍DAP-Seq的流程。 1. DNA亲和纯化(DNA Affinity Purification),首先,将目标DNA结合蛋白与DNA结合,形成蛋白-DNA复合物。然后,使用亲和纯化技术,如使用标记有亲和标签的DNA分子(例如生物素或His标签)来纯化蛋白-DNA复合物。 2. DNA片段化(DNA Fragmentation),将纯化的蛋白-DNA复合物...
DAPSeq的实验流程主要包括DNA提取、酶切、甲基化、测序和数据分析等步骤。首先,需要从样品中提取DNA,然后对其进行酶切,将DNA分成适当的片段。接着,对DNA片段进行甲基化处理,以模拟真实的DNA甲基化状态。甲基化后的DNA片段经过PCR扩增后,进行二代测序。最后,通过对测序数据的分析,可以鉴定DNA甲基化位点和其在不同样本...
四、DAP-seq实验流程 五、DAP-seq生信分析内容 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描(peak calling) 5.Peak长度分布统计 6.Peak在基因功能元件上的分布统计 7.Peak序列模式发掘(motif search) ...
蓝景科信DAP-se..1、DAP-seq在基因组水平上,鉴定转录因子的结合位点(transcription factor binding sites, TFBS)非常重要。ChIP-seq是进行体内检测TFBS的主要方法。
洗脱下来的DNA片段加上A末端和index的接头，扩增建库后，进行二代测序。数据分析 实验流程 ...