3. 分析流程 (1)首先会对Raw data进行质控以及数据过滤,包括接头的过滤以及低质量数据的过滤,并且对过滤完成的clean data进行质控;(2)利用clean data进行参考基因组序列比对,也就是看一下测序获得的这些reads是位于基因组上的哪些位置;(3)比对完成后会生成bam文件,利用软件对bam文件进行call peak,简单来看就是看在...
2017年,Bartlett A等人在Nature Protocol上发表了 DAP-seq的实验方法。 DAP-seq技术的出现,使TFBS 的研究不再局限于物种,不再受抗体质量的限制,为生命科学和医学领域转录因子的研究提供了新的有效工具。 二、 ChIP-seq和DAP-seq技术对比 三、DAP-seq技术流程: 蓝景科信已发表文章列表: Zhang SL, Wang L, Yao ...
测序与数据分析:对经过 PCR 扩增的 DNA 片段进行 Illumina 测序,测序完成后的序列读数与参考基因组比对分析,以此确定转录因子的具体结合位点,进一步揭示其在基因组中的调控功能 麦胚无细胞蛋白表达系统 DAP-seq 技术中,常用的体外蛋白表达方法是小麦胚芽无细胞蛋白表达系统(Wheat germ cell-free protein synthesis syste...
RNA-seq和ChIP-seq测序：分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位：利用Connectivity Map数据库，基于GR...
DAP-Seq技术的基本流程包括以下几个关键步骤：基因组DNA文库构建：从生物样本中提取DNA，构建用于后续实验的DNA文库。转录因子体外表达：利用含有亲和标签的载体，体外表达带有标签的转录因子。蛋白-DNA亲和纯化：将转录因子与DNA文库结合，通过亲和纯化技术分离出与转录因子结合的DNA片段。PCR扩增与测序：对亲和纯化后的DNA...
蓝景科信DAP-seq流程: 2. 需要提供什么材料? 需要您提供: (1)组织材料或者是提取好的基因组DNA; (2)含有转录因子CDS序列的质粒。 3. 分析结果包括哪些内容? 蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容: 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 ...
子的实验经验。我们癿DAP-seq技术服务,已助力科研院所及高校癿客户在许多期刊成功収表文章,例 如:MolecularPlant,ThePlantCell,PlantPhysiology,PlantBiotechnologyJournal,Journalof IntegrativePlantBiology,NewPhytologist等。 实验流程: 生信分析内容: ·对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads癿处理 ...
一、为何选择DAP-seq？二、实验流程概述 1. 前期准备（1）样本准备：足量样本、含有目的转录因子的质粒（需提供测序结果）（2）样本重复：针对同一个转录因子可以不设置重复样本；如果想设置重复样本，建议两到三个，且一次性完成重复实验（3）分析信息准备：本研究物种匹配的成熟的基因组信息（包括基因...
DAP-seq的生信分析包括以下内容: 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描(peak calling) 5.Peak长度分布统计 6.Peak在基因功能元件上的分布统计 7.Peak序列模式发掘(motif search) ...
DAP-SEQ分析结果包括哪些内容? 蓝景科信DAP-seq的生信分析包括以下内容: 1.对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 2.数据产出统计 3.参考序列比对分析 4.测序reads富集区域扫描(peak calling) 5.Peak长度分布统计 6.Peak在基因功能元件上的分布统计 7.Peak序列模式发掘(motif search) 8.已知motif...