CUT&Tag:CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作新兴的实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶精确切割目标蛋白结合的DNA区域,并在这些序列的两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。CUT&Tag技术可以在单个细胞水平上进行高分辨率的蛋白...
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation),即靶向剪切及转座酶技术,是一种利用酶锚定技术进行高效、高分辨率的DNA测序文库构建方法,同时是一种新的DNA-蛋白质互作研究方法,可用于检测组蛋白、RNApolymeraseII和转录因子等具有DNA结合功能的蛋白种类,揭示更多染色质在调控基因表达方面的重要作用,有助于分析细胞量...
测序手段:CUT&Tag、ChIP-seq、RNA-seq 研究亮点:该研究通过CUT&Tag及ChIP-seq揭示了组蛋白磷酸化修饰快速响应饥饿刺激的胰高血糖素-PKA信号通路,联合RNA-seq发现可进一步促进肝脏糖异生基因转录的工作机制,丰富了对机体在染色质层面如何响应激素变化,调控代谢稳态的生物学认识。 文献五 H3S57ph在DNA损伤修复中的关...
研究利用CUT&Tag技术分析了乳酸化修饰在PDAC中的基~因组分布及其对基~因表达的影响。通过CUT&Tag绘制了组蛋白乳酸化(H3K18la)在胰腺ai细胞基~因组中的结合图谱,研究发现H3K18la主要富集于肿liu相关基~因的启动子和增强子区域,结合RNA-seq数据表明,这些区域的乳酸化水平与糖酵解及肿liu相关基~因的高表达密切...
依托先进的Protein A/G-Tn5融合蛋白体系和高通量测序平台,我们为广大科研工作者提供CUT&Tag技术分析。一、文库构建和测序流程 从DNA样品到最终数据获得,样品检测、建库、测序每一个环节都可能会对数据质量和数量产生影响,而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此,获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面...
CUT&Tag相较于ChIP-seq具有更低的背景信号 相较于ChIP-seq,CUT&Tag具有更高的样本重复性 在相同的测序数据量下,CUT&Tag的peak Region内的数据量更多,信号更强 承启生物CUT&Tag分析流程 部分CUT&Tag分析内容展示 reads相对基因位置分布统计 基因功能区peak分布占比图 ...
CUT&Tag主要步骤为:(1)提取细胞核并与磁珠结合:可以用活细胞,也可以使用抽核的细胞核。ConA磁珠能与细胞膜上的糖蛋白结合,使用洋地黄皂苷(digitonin)透化细胞膜。(2)一抗、二抗结合:一抗是针对靶蛋白的特异性抗体,一抗孵育后,用含洋地黄皂苷的洗涤缓冲液快速洗涤,然后将细胞核与二抗一起孵育。(3)...
同时CUT&Tag可以对极少量细胞(60个细胞)进行操作,实现单细胞测序。Protein A-Tn5在细胞内进行核酸切割,PCR之前的反应都在细胞内进行。Henikoff博士通过分配单个细胞到5184纳米孔,再加入带随机标签的引物进行扩增的办法,实现单细胞测序。 图5. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) ...
CUT&Tag技术的简介 众所周知,染色质免疫沉淀(ChIP)是分析转录因子和辅因子与DNA的结合以及组蛋白和组蛋白修饰在整个基因组中的定位的金标准技术。但是该技术步骤繁琐,耗时长,需要的起始样本量很高,而很多研究很难获得足够量的样本开展该实验。随着二代测序技术的发展,ChIP-seq提高了数据的解读通量,但是ChIP技术...
CUT&Tag性能确认测试结果展示 为了对CUT&Tag技术方法做性能确认,华银康高通量测序科研团队分别对样本重复性、最低细胞投入量和同行试剂比对这3个指标进行测试。 1 重复性测试 用3例样本分别进行重复性测试,CUT&Tag质控数据均符合要求,以hg38为参考基因组,F1、F2、F3...