CUT&Tag在文库构建上更加容易操作,并且相比于CUT&RUN,CUT&Tag有更好的重复性,更低规模的细胞数量下限。 接下来我将介绍cut&tag数据上游分析流程 首先拿到公司测序得到的fastq文件(Raw Data),上传到服务器的特定文件夹中,例如/home/zyn/cut&tag/fastq 质控 cd/home/zyn/#注意mkdir -p ./cut&tag/fastq报错,是...
依托先进的Protein A/G-Tn5融合蛋白体系和高通量测序平台，我们为广大科研工作者提供CUT&Tag技术分析。一、文库构建和测序流程 从DNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都可能会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。因此，获得高质量数据是保证生物信息分析正确、全面...
测序数据质量结果可视化 首先查看比对到参考基因组上的数据比对结果。 代码语言:javascript 复制 // ###在分析之前建议用biocmanager装包 省时省力library(dplyr)library(stringr)library(ggplot2)library(viridis)library(GenomicRanges)library(chromVAR)## For FRiP analysis and differential analysislibrary(DESeq2)## ...
在探究蛋白质与DNA相互作用及组蛋白修饰机制时，传统技术ChIP-seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing，染色质免疫共沉淀测序）仍存在一些局限性，如对细胞起始量要求较高、容易产生假阴性或假阳性结果、重复性较差、信噪比低等问题。为克服此技术瓶颈，2019年Henikoff实验室在Nature Communications上公布的CUT&Tag技术...
(作者说cut&tag的数据可以不进行修剪,看自己需求吧。这里哦我们就单纯使用fastqc看下测序文件质量,没有进行过滤了) (至于fastqc结果咋看,搜一下有很多文章了,不再赘述) 3.Alignment 3.1. Bowtie2 alignment 3.1.1 Alignment to HG38 比对前先构建好gene组索引哈, ...
#检测ChIP-Seq/ATAC-Seq/CUT-TAg数据的常用R包: ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia ChIP-seq Quality Assessment #ChIPQC因为参考基因组没有植物的所以不能像介绍那样直接出所有图,但可以分开出部分结果 #参考代码: ...
1.3 CUT&Tag 数据处理和分析大纲 Figure 2. CUT&Tag data processing and analysis. 2 数据预处理 2.1 质控【选做】 公司返回数据已经质检,这里就不做,也不做 trimming。 在任何情况下,我们不建议修剪,因为后面的 bowtie2 参数将提供准确的 mapping 信息而无需修剪。
CUT&Tag本身是一种高通量测序技术,zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析,无需特殊的分析软件。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检...
图2. CUT&Tag®4.0 产品交联与非交联测序数据结果展示 结果表明:对于转录因子而言,利用高浓度甲醛交联处理后,实验获得的 peak 数更多,背景更低,信噪比更高。 结果表明:对同一靶位点,不同细胞起始投入量进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞种类与细胞量的投入量下进行 CUT&Tag 文库构建;在相同细胞数量不同种细胞...
我们今天的这个讲座,就是给大家来解读 CUT&Tag 标准分析报告中的各种图和表。 我们今天讲解的内容,分成 3 个部分: 1,Peak 分析 2,Motif 分析 3,Peak 关联基因分析 我们先来说第一部分,Peak 分布。 这是测序得到的 Reads 在全基因组的直观分布图。图中的纵轴,从上到下,排列的是人的 23 条染色体。横轴排...