CUT&Tag在文库构建上更加容易操作,并且相比于CUT&RUN,CUT&Tag有更好的重复性,更低规模的细胞数量下限。 接下来我将介绍cut&tag数据上游分析流程 首先拿到公司测序得到的fastq文件(Raw Data),上传到服务器的特定文件夹中,例如/home/zyn/cut&tag/fastq 质控 cd/home/zyn/#注意mkdir -p ./cut&tag/fastq报错,是...
测序数据质量结果可视化 首先查看比对到参考基因组上的数据比对结果。 代码语言:javascript 复制 // ###在分析之前建议用biocmanager装包 省时省力library(dplyr)library(stringr)library(ggplot2)library(viridis)library(GenomicRanges)library(chromVAR)## For FRiP analysis and differential analysislibrary(DESeq2)## ...
CUT&Tag本身是一种高通量测序技术,zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析,无需特殊的分析软件。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检...
组蛋白的cut&tag会有核小体(200 bp)或者数倍于该长度的片段产生,但是转录因子跟结合位点结合的话就会有小片段。Tn5切割抗体结合位点,转录因子跟target序列结合后就会被切开,所以就会有不是核小体长度的小片段。笔者就是转录因子的测序结果,虽然没有官网提供的图片那么漂亮,但大致会有一个周期性片段分布的趋势,同时...
(作者说cut&tag的数据可以不进行修剪,看自己需求吧。这里哦我们就单纯使用fastqc看下测序文件质量,没有进行过滤了) (至于fastqc结果咋看,搜一下有很多文章了,不再赘述) 3.Alignment 3.1. Bowtie2 alignment 3.1.1 Alignment to HG38 比对前先构建好gene组索引哈, ...
我们的CUT&Tag分析依托先进的Protein A/G-Tn5融合蛋白体系和高通量测序平台，专注于解析蛋白质-DNA互作，特别是转录因子结合位点和组蛋白修饰的全基~因组分布。我们的检测涵盖从样本制备、测序到数据分析的全流程支持，提供全面的基~因组注释、功能分析和信号通路解析，帮助您精准揭示基~因调控网络，为表观遗传学、...
!提前申明:本人非生物信息学专业,对代码编程一窍不通,奈何最近实验用到了ChIP-seq和CUT&Tag,高通量测序后不得不进行数据分析。虽然一开始我一个头两个大,但是通过不断摸索,终于让我找到了不用学代码、编程就可以分析数据的方法——“交互式生信数据分析利器”Galaxy,特别适合像我一样的生信小白!
鉴于近期分析了大批量的3个不同物种的cuttag数据,准备分享一下相关的代码。 数据完整性检测 首先是需要对测序公司给的测序数据的完整性进行test,如果md5值不吻合,后面还需要让公司发一份。 代码语言:javascript 复制 //##multiqc查看数据质量 multiqc *.fq.gz -o multiqc ##multiqc会自动寻找指定文件下面fq的结果...
CUT&Tag 是新出现的研究特定蛋白质与染色质 DNA 相互作用的新技术,用这种技术得到的海量数据,需要经过生物信息学分析,变成大量的图和表,以方便科学家进行研究。 本视频详细解读 CUT&Tag 标准分析报告中的各种图表,让 CUT&Tag 的用户可以更好地理解报告的内容,并更容易地发掘出报告中有用的信息。 视频字幕内容 ...
【这个才是最重要的,原始的测序样本才是核心关键,这次处理的SOX9就是shit数据】 step5: visualization (Heatmaps + Fold changes) 【核心经验】DiffBind跑出流程不难,难就难在很难控制,也很难理解结果。 deeptools的结果高度可控,使用的normalization的方法也是很容易理解,所以我觉得下游所有的差异分析都可以基于deepto...