1. CUT&RUN简介 CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)是一种用于研究内源蛋白质与DNA相互作用的新技术。它是在2017年由染色质研究领域的大牛Steven Henikoff实验室发明的。这个方法结合了抗体靶向和原位核酸酶剪切的优势,提供了一种高效且精准的方法来分析染色质蛋白结合位点。 类似于ChIP(chro...
一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都可以用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。我们首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体列出的抗体进行CUT&RUN实验, 如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗...
-CUT&RUN-qPCR:尽管CUT&RUN技术可能需要额外的优化步骤,但其高灵敏度和低背景噪声使得其在许多情况下成为理想的替代方案。总体上,CUT&RUN的实验成本可能较高,但在需要高分辨率数据的研究中是值得的。 -传统ChIP-qPCR:ChIP-qPCR是一种成熟的技术,通常在实验设计和优化方面更为成熟,但在某些应用场景下可能无法提供与...
4️⃣ 回收与检测:回收切割的DNA片段,用于qPCR检测或NGS建库测序。📈 CUT&RUN与CUT&Tag的比较Henikoff实验室在2019年推出了另一种方法CUT&Tag,它适用于更少量细胞,步骤也更简单。CUT&Tag解决了极少量细胞甚至单细胞的修饰组蛋白分布分析,极大推动了单细胞水平的表观遗传学调控研究。虽然CUT&Tag有其局限性,但...
CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始细胞数量5千-50万个。用室温的wash buffer对细胞清洗两次后加入ConA beads,室温下温柔孵育5-10min,使细胞结合在beads上。 2. 细胞通透化处理和一抗孵育 在细胞和beads结合之后,将管子转移到磁力架上弃去上清,并加入适量抗体结合buf...
06 ChIP或CUT&Tag实验验证的抗体可以用于CUT&RUN实验吗? 一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都能用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体中列出的抗体进行CUT&RUN实验,如果没有合...
CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始细胞数量5千-50万个。用室温的wash buffer对细胞清洗两次后加入ConA beads,室温下温柔孵育5-10min,使细胞结合在beads上。 2. 细胞通透化处理和一抗孵育 在细胞和beads结合之后,将管子转移到磁力架上弃去上清,并加入适量抗体结合buf...
CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始细胞数量5千-50万个。用室温的wash buffer对细胞清洗两次后加入ConA beads,室温下温柔孵育5-10min,使细胞结合在beads上。 2. 细胞通透化处理和一抗孵育 在细胞和beads结合之后,将管子转移到磁力架上弃去上清,并加入适量抗体结合buf...
CUT&RUN实验流程: 1. 收获细胞并和beads结合: 收获细胞,并且进行细胞计数,推荐起始细胞数量5千-50万个。用室温的wash buffer对细胞清洗两次后加入ConA beads,室温下温柔孵育5-10min,使细胞结合在beads上。 2. 细胞通透化处理和一抗孵育 在细胞和beads结合之后,将管子转移到磁力架上弃去上清,并加入适量抗体结合buf...
图1 CUT&RUN原理图 CUT&RUN 实验流程 收集细胞并将细胞与连有刀豆素A磁珠进行结合; 孵育一抗; 孵育Protein A/G MNase; 激活Protein A/G MNase 进行片段化; DNA 提取; 文库构建以及测序。 CUT&RUN技术优势 不需要固定:传统的ChIP需要先进行甲醛固定,...