🔍 CUT&RUN技术简介CUT&RUN(Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease)是一种新型技术,用于研究内源蛋白质与DNA的相互作用。由染色质研究领域的领军人物Steven Henikoff实验室于2017年开发,它结合了抗体靶向和原位核酸酶剪切的优势,为染色质蛋白结合位点的分析提供了一种高效且精准的方法。类似于ChIP(chroma...
-CUT&RUN-qPCR:尽管CUT&RUN技术可能需要额外的优化步骤,但其高灵敏度和低背景噪声使得其在许多情况下成为理想的替代方案。总体上,CUT&RUN的实验成本可能较高,但在需要高分辨率数据的研究中是值得的。 -传统ChIP-qPCR:ChIP-qPCR是一种成熟的技术,通常在实验设计和优化方面更为成熟,但在某些应用场景下可能无法提供与...
CUT&RUN实验可以用来分析多种蛋白的染色质图谱,包括PTMs,转录因子,染色质remodelers和染色质writers/readers。 如果你是第一次使用这个技术,请全面考虑你的细胞类型、实验条件、对照、抗体,从而解决你的生物学问题。这个试剂盒可以兼顾多种细胞类型(我现在的实验室里用的就是这个试剂盒)。 对于未固定的细胞,是研究组...
cut run是一种新近发展的染色质免疫共沉淀技术,其原理是通过特异性抗体识别靶标蛋白,并利用酶切作用将其与染色质分离,然后使用qPCR来定量分析目标基因的丰度。在cut run实验中,引物的设计是确保实验成功的关键。 在进行cut run实验前,需要确定目标基因的序列。这可以通过数据库查询或测序技术来获取。在得到目标基因...
通过设置这些对照,可以确保CUT&RUN实验的结果是特异且可靠的。特别是Input对照,可以帮助你校正由于片段化或其他技术因素引起的偏差。 ATAC-seq需要设置对照吗? 在ATAC-seq中,通常不需要设置对照。直观上,人们可能会认为需要校正由Tn5转座酶引起的切割偏好或偏差。然而,原始研究表明,转座子的内在切割偏好/偏差非常小,因...
CUT&RUN实验同样需要对照来确保结果的可靠性和特异性。以下是一些常见的对照类型: 阴性对照(Negative Control): IgG对照:使用同型匹配的非特异性IgG抗体进行免疫沉淀,以检测非特异性结合。 无抗体对照:不添加任何抗体,只使用蛋白A/G偶联的微球进行处理,以评估背景信号。
ChIP-seq技术已被广泛应用于多种生物体中的许多转录因子、组蛋白修饰、染色质修饰复合物以及其他与染色质相关的蛋白质。因此,ChIP-seq实验的设计方式和分析方法具有很大的多样性。 CUT&RUN:一种改进的替代ChIP-seq的方法 ChIP-seq 是一种众所周知的具有挑战性的方法。尽管经过了严格的优化和洗涤,该方法仍然存在较...
ChIP-seq技术已被广泛应用于多种生物体中的许多转录因子、组蛋白修饰、染色质修饰复合物以及其他与染色质相关的蛋白质。因此,ChIP-seq实验的设计方式和分析方法具有很大的多样性。 CUT&RUN:一种改进的替代ChIP-seq的方法 ChIP-seq 是一种众所周知的具有挑战性的方法。尽管经过了严格的优化和洗涤,该方法仍然存在较...
【行云学院】【CUT&RUN技术的成功指南】【直播日期 2020/07/21 09:30】与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样,核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN) 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术 (1-4)。这种测定法可用于检测与基因组某个特定区域有关的多种蛋白,或相反,用于检测与某种特殊...
新型CUT&RUN技术实现单细胞全基因组定位在一项新的突破性研究中,来自美国匹兹堡大学和马萨诸塞大学医学院的研究人员对一种称为CUT&RUN(cleavage under targets and release using nuclease)的方法进行改进,使得在使用少量细胞(包括单细胞和单个植入前胚胎)的情形下,它适合用来研究转录因子和其他的DNA结合蛋白在染色质...