一般来讲能做ChIP或CUT&Tag的抗体可以用于CUT&RUN,特别是能做CUT&Tag的抗体基本都可以用来做CUT&RUN,不过我们确实也发现过某些抗体做ChIP效果很好,但是CUT&RUN效果不太理想。我们首先建议使用Active Motif CUT&RUN验证抗体列出的抗体进行CUT&RUN实验, 如果没有合适的抗体可供选择,可以优先选择能做ChIP或CUT&Tag的抗...
该团队表示选择CUT&RUN而不是ChIP-seq分析,是因为前者不需要DNA-蛋白质交联。此外,与ChIP-seq相比,前者成功实验所需的细胞计数J低。 正常而言,随着出生后眼睛的发育,提供健康血液供应的血管随着时间的推移开始萎缩。结果,眼睛中的氧气含量稳步下降,造成缺氧环境。HIF1α作为一种蛋白质复合物,可调节身体对缺氧环境的...
而CUT&RUN相比于传统ChIP在细胞量和信噪比等方面的优势。 1)在整个实验过程中,pMNase的量对片段化的结果至关重要 fig1.两批样品500l体积中,600,000个K562细胞,加入不同浓度的pA-MN,片段化之后,采用TapeStation 通过分析荧光强度来分析pA-MN对H3K27me3基因组片段化的影响。 2)CUT&RUN技术用于少量细胞,信噪比很...
对于ATAC-seq 数据,总是进行重复读数的移除。 在许多 CUT&RUN 分析方法中,重复reads的移除是一个可选步骤。通常默认是保留重复reads,因为 CUT&RUN 增加了生物学重复reads的可能性。更具体地说,由于染色质的核酸酶切割在其典型性质上受到染色质构象和/或核酸酶偏好的影响,增加了来自不同细胞的相同reads的可能性。...
在研究辅因子 DNA-蛋白相互作用时,CUT&RUN Assay Kit #86652的工作原理与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相同,但仅需 100,000 个细胞。 抗体通用 pAG-MNase 结合小鼠和兔抗体,从而增加了适用于 CUT&RUN 检测的抗体的目录。 兔抗体 小鼠抗体 可重复的结果 ...
与CUT&Run相比，该技术在pA-Tn5转座复合物进行切割时在切割片段的两端加上接头序列，可直接PCR建库，无需末端抹平和接头连接的操作，省时高效。细胞预处理，结合一抗，结合二抗，结合PA-Tn5，片段化后DNA提取，PCR扩增及后处理。分析部分几乎和ChIP-seq一致，只要call到了peak后边的分析想咋做咋做。关于...
为了评估CUT&Tag的信噪比,我们将其与CUT&RUN和ChIP-seq生成的分析结果进行了比较,检测K562细胞中的H3K27me3(相同的兔单克隆抗体)。为了直接比较这三种技术,我们将每个数据集的读取深度设置为800万reads。三种方法的landscape都是相似的,但是在ChIP-seq数据集中背景噪声占主导地位(图2a),因此 ChIP-seq需要更多的...
数据告诉你，CUTTag的优势在哪里？信噪⽐⾼ 重复性好，灵敏度⾼转录因⼦同样适⽤
CUT&RUN(目标下切割与释放使用核酸酶)和CUT&TAG(目标下切割与标记)是为有限生物材料的蛋白-DNA相互作用图谱开发的方法。虽然它们显著提高了图谱分辨率,但两者都成本高昂。此外,CUT&RUN需要昂贵的PA/Mnase融合蛋白,这种蛋白对A/T序列有显著偏好,导致目标蛋白相互作用的DNA区域图谱严重受到MNase消化水平的影响。除了与CU...