CUT&Tag目前的价格比较稳定,如果你有数据分析能力,即可自己购买试剂盒建库,再交由测序公司进行扩增测序,自己再对原始数据进行分析,将会剩下一大笔费用。 CUT-Tag下机数据处理 1.下机数据 CUT-Tag本质上是对转录因子所下拉得DNA序列进行二代测序,因此下机数据和转录组的所类似为fsatq序列。 下机数据 2.质量控制 ...
CUT&Tag文库的质控是CUT&Tag项目成功的基础,对文库质量进行严格控制可以减少测序成本和生信分析的计算成本。理想的文库质检图是什么样的呢?(如图2所示)可以明显看出两个特征:1)出现不同的峰,分别是约200bp的峰和400bp的峰,分别代表1个核小体的分布峰和2个核小体的分布峰;2)第一个峰高度明显高于第二个峰高度...
组蛋白的cut&tag会有核小体(200 bp)或者数倍于该长度的片段产生,但是转录因子跟结合位点结合的话就会有小片段。Tn5切割抗体结合位点,转录因子跟target序列结合后就会被切开,所以就会有不是核小体长度的小片段。笔者就是转录因子的测序结果,虽然没有官网提供的图片那么漂亮,但大致会有一个周期性片段分布的趋势,同时...
在研究中,CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合,分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平,尤其是启动子或增强子区域的靶基因,探究其对基因表达的调控作用。当目标蛋白为转录因子时,联合motif分析和共表达分析,研究可以进一步丰富转录因子-靶基因调控网络。同时,研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点,设计...
CUT&Tag本身是结合高通量测序的一类技术,所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp大小的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片...
自2019年CUT&Tag技术诞生以来,经过大量的实践,发现该技术在组蛋白修饰及部分转录因子与DNA互作研究中可以获得高信噪比的结果,但是针对一些与DNA结合力较弱或者结合具有高度动态性的DNA结合蛋白,较难得到理想的实验结果。 艾美捷CUT&Tag试剂盒特点: 1、高浓缩: 使用独特的核酸切割酶混合物,其具有低序列偏倚,以同时片段...
通过CUT&Tag、CUT&RUN和ChIP-seq三种方法对(CTCF)DNA结合蛋白进行分析,CUT&Tag获得的reads信号强度明显高于另外两种方法。 可进行低样本量实验 CUT&Tag能够对极少量细胞进行操作。通过对H3K27me3和H3K27me2的CUT&Tag结果与单细胞信号集合结果比较,说明CUT&Tag能够用于单细胞的表观基因组学分析。
首先,CUT&Tag测序得到的Raw Reads里面含有带接头的、低质量的Reads,为了保证信息分析质量,对Raw Reads进行过滤,得到Clean Reads,用于后续信息分析。Q20和Q30的比例常常被我们用来评价某次测序结果的好坏,比例越高就越好。本次实验中,达到Q20的碱基在95%以上,Q30大于89%,说明...
CUT&Tag本身是一种高通量测序技术,zui终所获取的实验结果也是测序文库。CUT&Tag的文库与ChIP-Seq类似,都是200-1000bp左右的文库。测序所得的数据可以用常规的分析软件进行分析,无需特殊的分析软件。一般的实验流程为:细胞与磁珠结合—一抗孵育—二抗孵育—转座体孵育—片段化—DNA提取—PCR构建文库—文库纯化—质检...
CUT&Tag与传统的ChIP-Seq技术相比较,实验不需要超声打断,也不需要传统的连接法添加测序接头,操作简单、周期短、信噪比高、重复性好、细胞用量少,为极低起始细胞量和单细胞测序研究提供了可能性。 自2019年CUT&Tag技术诞生以来,经过大量的实践,发现该技术在组蛋白修饰及部分转录因子与DNA互作研究中可以获得高信噪比的...