二、ctDNA检测方法 1.数字PCR(digital PCR) 数字PCR是一种基于单分子计数的技术,通过将待测DNA模板分配到大量微小的反应体系中,实现对目标DNA的绝对定量。数字PCR具有较高的灵敏度和特异性,适用于ctDNA的检测。 2.实时荧光定量PCR(real-time PCR) 实时荧光定量PCR是一种基于荧光信号的累积与DNA扩增同步的检测技术...
(3)从血浆中提取游离DNA:将血浆放置于-80℃冻存直至DNA抽提,或直接进入DNA抽提步骤;由于ctDNA浓度低而且高度碎片化,富集和分离就显得尤为重要; (4)下游分析:由于正常cfDNA背景中ctDNA的比例很低,因此开发了专门的cfDNA分析方法,包括测序和基于聚合酶链式反应(PCR)分析的方法(BEAMing 和液滴数字PCR等)。 ctDNA的...
目前常用于分离ctDNA的方法有离心柱法和磁珠法。 1、离心柱法:原理是带负电的DNA骨架与带正电的硅胶滤膜之间有高亲和力。钠离子起到阳离子桥的作用,它可以吸引核酸磷酸骨架里带负电荷的氧。在高盐条件(pH≦7)下,钠离子可破坏水中的氢与硅中带负电荷的氧之间的氢键。通过多次漂洗去掉杂质后,用TE或灭菌水洗脱纯...
健康人中ctDNA的水平仅以低水平存在,但在癌症患者体内可以检测到更高水平的ctDNA[10]。目前关于ctDNA释放的确切机制尚不明确。 2 ctDNA检测方法 2.1 实时荧光定量PCR 实时荧光定量PCR(qPCR)是一种传统的ctDNA检测技术,已被广泛运用于医学检测相关领域[11]。Spindler等[12]利用qPCR定量分析了转移性结直肠癌患者在...
ctDNA(circulating tumor DNA) 是肿瘤细胞释放到血液循环系统中的 DNA,是循环游离 DNA(circulating free DNA,cfDNA)或细胞游离DNA(cell free DNA,cfDNA)的一部分。ctDNA检测(液体活检)相对于常规传统侵入式实体组织活检具有非侵入性,患者依从性好,异质性低,可反复取材等优势。
1. 一种SNP检测新方法:四引物扩增受阻突变体系PCR技术2. Detection of epidermal growth factor receptor T790M mutation in plasma DNA from patients refractory to epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitor3. Detection of extremely rare alleles by bidirectional pyrophosphorolysis-activated polymeri...
03、如何检测甲基化 用于ctDNA甲基化标记的分析方法主要包括三类(如图2): 1)基于抗体富集处理的方法:甲基化DNA免疫沉淀测序(MeDIP-seq); 甲基CpG结合域蛋白捕获测序法(MBD)等; 2)基于亚硫酸氢盐处理的方法:包括多种甲基化特异性PCR(MSP、RT-MSP、ddMSP),全基因组甲基化测序(WGBS);焦磷酸测序等; ...
癌症相关基因的基因突变是潜在候选基因,可以通过既定方法在癌症患者的血浆ctDNA中进行分析,panel测序有了更多突变检测的机会。但这种方法在癌症筛查中存在三个主要挑战:(1)对于早期癌症,可接受的放血量上限和有限的ctDNA脱落可能影响敏感性。(2)白细胞DNA污染和非恶性/癌前过程(如年龄相关的克隆造血)的血浆ctDNA的...
确定ctDNA中额外的基因组变异 为评估ctDNA在监测胰腺癌持续演变方面的价值,研究团队从19位患者中选取了一系列血浆样本进行WES,并开发了定制的分析框架ACT-Discover,以检测ctDNA并表征其中的基因组变异。随后,采用两步筛选法来检测ctDNA中的突变和SCNA进行分析。 研究团队使用来自患者肿瘤的真实数据对ACT-Discover的性能...
目前已有研究证实,ctDNA可能是CRC患者的重要预后因素[10,11],因此合理的检测方法不仅能指导mCRC患者靶向药物个体化治疗,还可能推进全病程管理模式下的CRC患者预后分层及抗EGFR单抗治疗的优势人群筛查。 不同的检测方法,可能会因为灵敏度的差异或不同的突...