conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Cloud - apt-get install script- for Debian an...
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Cloud - apt-get install script- for Debian an...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 sub...
默认下载目录为 ~/ncbi/public/sra/,可以更改。 因为上述下载老出错,手动安装sratoolkit: wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz tar -xvzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz #解压缩 ...
Cloud - yum install script - for CentOS - requires sudo permissions MacOS64 bit architecture MSWindows64 bit architecture 代码语言:javascript 复制 cd~/biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz ...
sratoolkit->sra-tools bioconda是一个频道,里面是有与生信相关的软件。看看bioconductor与生信相关的R包。 查看已安装的软件: • conda list • conda list fast* (比如很早就安装某个软件,如果只想起四个字母,用通配符的去查找) • conda list –n rna ...
另外软件的原名可能和conda 中的名字不一样。如sratoolkit与sra-tools。 代码语言:javascript 复制 ## 小知识点 # 下载安装软件之前先搜索是否存在http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html 网页搜索:conda ascp 安装 关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest...
conda install -y fastqc # 调出帮助文档 fastqc --help # 可以指定软件版本 conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc...
# conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道, # 将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps # 默认安装到了anaconda_path下面的envs/phylo目录下(在屏幕输出也会有显示) ...