计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用...
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最近为了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任务,靠朋友关系找了一个私有服务器,只能开个普通账号,系统是CentOS 8,一切都要苦逼的重新配置。 以下记录我配置环境的全过程 1. 打开服务器上的linux系统,登陆非根用户账号,默认进入"home/username/"目录下; 2. 安装miniconda: ...
分析令没有计算机基础和专职生物信息分析人员的实验室望而却步.基于2016年Van Nostrand等人优化的CLIP方法,本团队建立并完成了多个RBP在组织和细胞中的CLIP测序及数据的生物信息学分析流程,并验证了其可行性.本研究整合了多家实验室已公开发表的分析软件和脚本,对人前列腺癌DU145细胞系中的PUMILIO1(PUM1)蛋白CLIP-seq...
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CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...
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CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...