clipseq数据分析 文心快码BaiduComate CLIP-seq(Cross-Linking Immunoprecipitation followed by Sequencing)是一种结合实验和测序的方法,用于研究特定蛋白质在体内的RNA结合情况。CLIP-seq数据分析通常包括数据获取、预处理、比对、峰值识别等多个步骤。以下是CLIP-seq数据分析的详细过程: 1. 了解CLIP-seq数据分析的基本...
计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合...
CLIP-seq结合了实验和测序方法,可以研究某种蛋白质在体内的RNA的结合情况。原理为基于RNA和RNA结合蛋白在紫外线照射下发生偶联,再经过蛋白特异性抗体将其沉淀,回收片段,再经添加接头,PCR扩增,进行高通量测序,最后经过生物信息学方法分析和处理得到相应的结果。本篇文章注重讨论后续的生物信息学处理。 这篇文章总结一下...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...
CLIP-seq结合了实验和测序方法,可以研究某种蛋白质在体内的RNA的结合情况。原理为基于RNA和RNA结合蛋白在紫外线照射下发生偶联,再经过蛋白特异性抗体将其沉淀,回收片段,再经添加接头,PCR扩增,进行高通量测序,最后经过生物信息学方法分析和处理得到相应的结果。本篇文章注重讨论后续的生物信息学处理。
m6A-seq 的数据分析通常侧重于整体分布模式和总体变化趋势，而 m6aclip-seq 则更关注修饰位点的局部特征及其与特定生物学过程的关系。两种技术在数据挖掘的思路和下游实验设计上也存在差异，m6A-seq 更适合于探索 m6A 修饰的普遍规律，而 m6aclip-seq 则更适用于深入研究 m6A 修饰的分子机制及其具体功能...
3.参考基因组 首先，我们需要创建一个参考基因组来比对我们的 ATACseq 数据。我们可以创建一个 FASTA ...
HITS-CLIP技术及数据分析宣传画册 一、HITS-CLIP技术概览 HITS-CLIP(HIgh-Throughput Sequencing with CrossLinking-ImmunPrecipitation)又称为CLIP-seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,是一项蛋白与RNA相互作用的实验技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生交联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-...
本研究整合了多家实验室已公开发表的分析软件和脚本,对人前列腺癌DU145细胞系中的PUMILIO1(PUM1)蛋白CLIP-seq数据进行分析,总结出对于蛋白功能分析更有效的命令和参数,并建立了完整的生物信息学分析流程.运用该流程寻找PUM1蛋白在人前列腺癌发展中的潜在机制,本团队识别出PUM1在DU145细胞系中的1189个靶标,并发现PU...