为了进一步研究PCIF1和CTBP2之间的潜在相互作用,我们使用交联和免疫共沉淀,然后进行高通量测序(CLIP-Seq)来评估这些蛋白结合的mRNA的相似性。通过分析CLIP-Seq数据集,我们观察到PCIF1和CTBP2结合的mRNA之间有高度的重叠(补充图5A)。我们的分析显示了PCIF1-和ctbp2结合mRNA的类似富集模式。在“细胞迁移”和“转录正向...
计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的...
8、 基因表达分析9、 结合峰的motif检测10、 共有及特有peak分析11、 差异结合峰检测12、 差异Peak相关基因KEGG通路富集分析(仅限于模式物种)13、 差异Peak相关基因GO富集分析(仅限于模式物种) 1、 基因表达差异分析2、 与其他测序数据关联分析 常见问题 1. CLIP-Seq和RIP-Seq有什么区别? 2. CLIP-Seq和RIP...
CLIP-SEQ实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白结合位点的最重要手段。 计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合...
CLIP-seq数据分析软件是由上海嘉因生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1372910,属于分类,想要查询更多关于CLIP-seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
于是推测可能由于总RNA-seq数据反映的是不同细胞类型的总体平均值,这可能限制了对染色质重塑过程中高度动态调控的深入解读。为了探索DDX43在细胞类型分辨率下对基因表达的影响,对来自成年Ddx43+/+、Ddx43KI/KI和Ddx43-/-的睾丸细胞进行了scRNA-seq分析。为了评估细胞类型组成的变化和转录调控的差异,首先基于野生型...
m6A-eCLIP以单核苷酸分辨率在整个转录组中稳健地剖析m6A修饰位点。与替代方法相比，m6A-eCLIP对m6A分析所...
紫外交联免疫共沉淀测序(CLIP seq)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联,以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后,...
CLIP-seq，全名Crosslinking immunoprecipitation-high-throughput-sequencing，是一种革命性的分子生物学技术，它通过紫外线交联和免疫沉淀相结合，揭示了蛋白与RNA之间互动的微观世界。其工作流程如精密的交响乐，首先通过UV交联将RNA和蛋白复合物紧密结合，形成不可逆的键结，随后细胞裂解、RNA片段化，目标蛋白...