CLIP-seq(Cross-Linking Immunoprecipitation followed by Sequencing)是一种结合实验和测序的方法,用于研究特定蛋白质在体内的RNA结合情况。CLIP-seq数据分析通常包括数据获取、预处理、比对、峰值识别等多个步骤。以下是CLIP-seq数据分析的详细过程: 1. 了解CLIP-seq数据分析的基本概念 CLIP-seq技术通过紫外线照射使RNA...
计算分析可分为三个步骤。 在第一个预处理阶段,必须修剪原始读数并将其映射到基因组。该步骤必须特别适用于每个CLIP-SEQ协议。 下一步是峰值calling,这是去除非特异性信号和确定靶RNA上真正的蛋白结合位点所必需的。在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用...
8. 数据分析:通过比对测序reads到参考基因组上,并对m6A修饰位点进行鉴定和分析。 M6A-CLIP-seq技术的优势在于可以同时分析RNA的转录谱和甲基化修饰信息,并鉴定与甲基化修饰相关的蛋白质和RNA序列。它可以帮助研究人员深入了解m6A修饰的功能以及与其他RNA调控机制的相互作用。 总结起来,M6A-CLIP-seq技术是一种结合了CLI...
iCLIP-seq技术是基于传统CLIP-seq进行改进，以实现单碱基分辨率水平鉴定RNA结合蛋白（RBP）结合位点。通过在实验步骤中加入特定操作，实现高分辨率的结合位点鉴定，同时通过引入barcode提高实验与定量分析的准确性。iCLIP-seq技术具有更高的分辨率与更准确的定量分析能力，对于研究RNA转录后修饰与基因表达调控过程...
CLIP-seq是一种分子生物学方法，通过结合UV交联和免疫共沉淀，分析蛋白与RNA相互作用的结合位点。之前的CLIP方法存在依赖性强、产生低复杂度文库和高失败率的问题。为了解决这些问题，发展出了eCLIP方法。eCLIP保持单核苷酸分辨率的同时，减少了不必要的PCR重复（约60%），并利用大小匹配的input controls提高...
CLIP-seq CLIP-seq类似于ChIP-seq，但专注于蛋白质-RNA相互作用，通过沉淀靶蛋白并测序其结合的RNA，以识别蛋白质如何影响RNA的加工和表达。Co-IP Co-IP技术沉淀目的蛋白，进而检测与之相互作用的蛋白，提供蛋白-蛋白互作的直接证据，是研究蛋白质复合体组成的重要方法。ChIP-seq典型步骤 交联与染色质...
最近为了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任务,靠朋友关系找了一个私有服务器,只能开个普通账号,系统是CentOS 8,一切都要苦逼的重新配置。 以下记录我配置环境的全过程 1. 打开服务器上的linux系统,登陆非根用户账号,默认进入"home/username/"目录下; 2. 安装miniconda: ...
研究方法：通过CRISPR-Cas9基因编辑技术构建DDX43基因敲除和基因突变小鼠模型，使用Western blot、免疫荧光和免疫染色分析确认DDX43的表达和分布。进行scRNA-seq和clip实验分析DDX43的下游靶标，并在小鼠模型中验证DDX43的作用。主要结果：DDX43在精子细胞分化过程中表达增加，主要存在于细胞质和细胞核中。DDX...
Co-IP技术用于检测蛋白-蛋白互作。通过免疫沉淀目的蛋白，同时捕获与该蛋白相互作用的其他蛋白质。此方法简单高效，是研究蛋白互作的经典方案。一个典型的ChIP-seq流程包括交联、染色质制备、免疫沉淀、去交联、文库制备和测序等步骤。通过高通量测序，可以生成大量数据，进一步分析基因组的蛋白质结合区域，为...
技术路线：构建动物模型，确认表型，进行单细胞测序，结合clip实验，分析下游靶标，验证机制。研究背景：精子分化经历多个步骤，转录从活跃转变为惰性。传统策略难以准确解析精子细胞连续发育状态的动态调控过程，而单细胞RNA测序（scRNA-seq）为追踪不同状态精子细胞的分化轨迹提供了可能。研究方法：构建DDX43...