CLIP-seq数据分析软件是由上海嘉因生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2021SR1372910,属于分类,想要查询更多关于CLIP-seq数据分析软件著作的著作权信息就到天眼查官网!
于是推测可能由于总RNA-seq数据反映的是不同细胞类型的总体平均值,这可能限制了对染色质重塑过程中高度动态调控的深入解读。为了探索DDX43在细胞类型分辨率下对基因表达的影响,对来自成年Ddx43+/+、Ddx43KI/KI和Ddx43-/-的睾丸细胞进行了scRNA-seq分析。为了评估细胞类型组成的变化和转录调控的差异,首先基于野生型...
测序:然后在高通量测序平台上对测序文库进行测序,生成数百万个代表基因组蛋白质结合区域的读数。 数据分析:序列读数与参考基因组比对,分析结果数据、以识别基因组的蛋白质结合区域。然后对这些区域进行注释以确定其功能意义,例如它们是否对应于已知的基因或调控元件等。 ChIP-seq流程发布...
m6A-eCLIP以单核苷酸分辨率在整个转录组中稳健地剖析m6A修饰位点。与替代方法相比，m6A-eCLIP对m6A分析所...
3、数据分析 基本流程分析还是类似于chip-seq; 数据质控→ 找peak → peak 分析; 新的研究思路还是需要阅读相关文献。 image from 达澈生物 image from 达澈生物 最后推荐一个研究RNA结构的必备网站:ENCORI,里面有很多公共clip-seq数据等 更多精彩内容,就在简书APP ...
最近为了RNA-seq和iCLIP-seq的分析任务,靠朋友关系找了一个私有服务器,只能开个普通账号,系统是CentOS 8,一切都要苦逼的重新配置。 以下记录我配置环境的全过程 1. 打开服务器上的linux系统,登陆非根用户账号,默认进入"home/username/"目录下; 2. 安装miniconda: ...
1. RNA-seq不仅局限于miRNA与RNA结合蛋白(RBP)的传统研究,而且能分析RBP与lncRNA的互作网络,帮助我们了解lncRNA在的功能; 2. 与CLIP-seq相比,RIP-seq不需要进行紫外交联,操作简单,成功率更高; 3. 覆盖广,可在全基因组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定; ...
8. 数据分析:通过比对测序reads到参考基因组上,并对m6A修饰位点进行鉴定和分析。 M6A-CLIP-seq技术的优势在于可以同时分析RNA的转录谱和甲基化修饰信息,并鉴定与甲基化修饰相关的蛋白质和RNA序列。它可以帮助研究人员深入了解m6A修饰的功能以及与其他RNA调控机制的相互作用。 总结起来,M6A-CLIP-seq技术是一种结合了CLI...
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CLIP-seq,又称为HITS-CLIP，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序, 是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA...