随后,我们使用细胞模型对PCIF1和CTBP2进行了功能验证,结果表明,CTBP2可能作为PCIF1的关键辅助因子,在HNSCC中发挥关键的分子功能作用。 为了进一步研究PCIF1和CTBP2之间的潜在相互作用,我们使用交联和免疫共沉淀,然后进行高通量测序(CLIP-Seq)来评估这些蛋白结合的mRNA的相似性。通过分析CLIP-Seq数据集,我们观察到PCIF1...
在这里,试验方案特异的方法以及通用峰值调用分析包(程序)都是可用的。 尽管一些峰值calling程序的使用更为广泛,但每个峰值calling程序都有其特定的优点和缺点,因此比较几种方法的结果可能是有利的。 尽管在许多CLIP-SEQ出版物中,峰值calling通常是最后一步,但一个重要的后续任务是根据CLIP-SEQ数据确定结合模型。 这一...
CLIP-seq，全名Crosslinking immunoprecipitation-high-throughput-sequencing，是一种革命性的分子生物学技术，它通过紫外线交联和免疫沉淀相结合，揭示了蛋白与RNA之间互动的微观世界。其工作流程如精密的交响乐，首先通过UV交联将RNA和蛋白复合物紧密结合，形成不可逆的键结，随后细胞裂解、RNA片段化，目标蛋白...
m6a-seq 只能鉴定m6A高甲基化的区域，并不能做到单碱基的分辨率，而m6a clip -seq方法能够对m6A做到单...
iCLIP-seq技术是基于传统CLIP-seq进行改进，以实现单碱基分辨率水平鉴定RNA结合蛋白（RBP）结合位点。通过在实验步骤中加入特定操作，实现高分辨率的结合位点鉴定，同时通过引入barcode提高实验与定量分析的准确性。iCLIP-seq技术具有更高的分辨率与更准确的定量分析能力，对于研究RNA转录后修饰与基因表达调控过程...
研究方法：通过CRISPR-Cas9基因编辑技术构建DDX43基因敲除和基因突变小鼠模型，使用Western blot、免疫荧光和免疫染色分析确认DDX43的表达和分布。进行scRNA-seq和clip实验分析DDX43的下游靶标，并在小鼠模型中验证DDX43的作用。主要结果：DDX43在精子细胞分化过程中表达增加，主要存在于细胞质和细胞核中。DDX...
主要结果：DDX43表达在减数分裂退出前占主导地位，主要存在于粗线期精子细胞和圆形精子细胞中。DDX43突变小鼠精子发生存在缺陷，表现为睾丸较小、雄性不育、精子数量减少和形态异常。DDX43缺乏干扰染色质重塑，导致TNP到PRM的取代过程受损，H4K8ac标记和DNA修复过程受影响。scRNA-seq分析揭示了DDX43在精子...
1 CLIP 测序 CLIP-Seq （crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing ）即紫外交联免疫沉淀结合高 通量测序， 通过高通量研究RNA 结合蛋白（RNA Binding protein ，RBP ）在体内与众多 RNA 靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能，是一项在全基因组水平揭示 RNA 分子与RBP 相互...
CLK1-KD细胞和CLK1-OE细胞的RNA-seq结果分析发现CLK1参与调控细胞循环。针对CLK1的磷酸化蛋白组鉴定出了39个上调,62个下调。GO分析发现CLK1主要参与mRNA可变剪接相关蛋白的磷酸化,尤其是SR蛋白家族。在这些磷酸化水平下调的蛋白中,SRSF5在ser-250位置上磷酸化的SRSF最显著。CLK1-KD细胞中WB检测SR基因家族蛋白表达...
PAR-CLIP-Seq应用于miRNA靶基因分析能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。 客户提供 ①活细胞,要求≥107; ② 特殊细胞需要提供相应培养基; 伯信提供 ...