研究显示,大多数eccDNA在同一类型的细胞之间表现出高度的可变性,且倾向于在基因组扩增区域形成。此外,将scCircle-seq应用于三种不同癌症类型的肿瘤样本中,研究人员发现了肿瘤特异性的eccDNA图谱,并揭示了具有不同eccDNA基因组模式的亚克隆群体。综上所述,scCircle-seq作为一种易于扩展、直接且通用的方法,具有揭示癌症中...
染色体外环状DNA(eccDNA)是一类游离于染色体外的环状DNA,广泛存在于包括人类在内的多种真核生物中,并参与基因表达调控、细胞增殖、DNA损伤修复及肿瘤发生等多个生物学过程。由于eccDNA不易被核酸酶降解,且结构较为稳定,因此具有重要的生物学功能。目前,研究eccDNA的主要方法包括DNA荧光原位杂交(FISH)、批量全基因组测序...
前两种方法主要用于检测来源于相对较大基因组区域、丰度较高的eccDNA,而Circle-Seq则能够识别广泛的eccDNA,但需要较大数量的细胞进行测序分析。因此,亟需开发一种通用且可扩展的方法,用以检测从组织活检中提取的单个细胞或细胞核中的eccDNA,从而揭示eccDNA的生物学复杂性,并阐明其在患者来源肿瘤样本中的异质性。 2024年...
1.血清 eccDNA 的全基因组特征分析 实验流程与样本处理:研究人员收集了健康供体(HD)、对 VRd 治疗高敏感(HS)和低敏感(LS)的 NDMM 患者的血清样本,利用 Circle - seq 和 RNA - seq 技术进行全基因组分析。首先从血清中分离 eccDNA,采用原子力显微镜(AFM)可视化其环状结构,之后对其染色体起源、长度、circle score...
▍嘉因生物eccDNA/ecDNA服务优势 优势一:全面的eccDNA/ecDNA实验路线——Circle-seq/WGS : 4种实验路线+2种测序模式。 优势二:1000+样本经验,80+种样本类型实践。 优势三:线性DNA marker检测保证Circle-seq实验品质(适用于人的非cfDNA样本)。 优势四:专业全面的eccDNA/ecDNA生物信息学分析。
1、家蚕丝腺 eccDNA 的特征 作者进行了家蚕丝腺组织来源 eccDNA 的测序(circle-seq),共计检测到了 35346 种 eccDNA。它们的大小从 30 bp 到 13569549 bp 不等,但绝大多数 eccDNA (占比 94.25%)都集中分布在 50 bp 到 1000 bp 的范围之内。eccDNA 广泛来源于每一条染色体,惟第 11 号染色体的 eccDNA 数目...
Circle-seq数据分析主要是利用fastqc软件对原始数据进行质量评估,使用BWA软件将原始数据比对到参考基因组,使用Circle-Map对样品中DNA进行鉴定,samtools处理sam文件,使用bedtools软件对鉴定的eccDNA和差异eccDNA进行基因注释,并利用注释的差异基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。
数据分析:Circle-seq数据分析主要是利用fastqc软件对原始数据进行质量评估,使用BWA软件将原始数据比对到参考基因组,samtools处理,Circle-MAP检测,eccDNA进行基因注释和差异eccDNA分析等。 四、eccDNA测序对送样的要求 细胞、组织、基因组DNA样本要求 1. 样品量要求: ...
云序用户通过circleseq在家蚕中发现了具有重要功能的eccDNA，具体成果如下：首次在家蚕中发现并测序eccDNA：研究团队与云序生物合作，对家蚕丝腺组织来源的eccDNA进行了全面的测序研究，共检测到35346种eccDNA。eccDNA的特征分析：eccDNA的大小范围从30bp到13569549bp不等，但主要集中在50bp到1000bp的范围内。
优势一:国内率先提供环状DNA测序服务和环状DNA甲基化测序的公司,同时也是首家有客户发表 10 分以上 eccDNA 论文的公司。 优势二:拥有包括组织细胞/体液样品环状DNA测序服务和环状DNA甲基化测序在内丰富的环状DNA测序产品线。 优势三:A&A Biotechnology 总代理,采用原装A&A Bio纯化柱,环状DNA 纯化效果好。