ChIP-Seq测序与分析是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA 片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA 片段进行高通量测序,通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
这里我将chip-seq&ATAC-Seq的分析分为了上游和下游两个模块,但是都只是介绍了常规的分析流程。因此,在面对具体课题的下游分析时,仍需要根据自己想要探究的问题进行个性化的分析。 一、介绍 具体的实验方法与流程抽空单独写一节 二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...
chipseq-4-数据分析流程的提炼 20:15 chipseq-5-软件安装 18:32 chIPseq-6-公共数据的获取 22:38 chipseq-7-得到fastq格式测序数据 15:19 chipseq-8-fastq数据的质量控制 12:07 chipseq-9-比对及质控 10:43 chipseq-10-讨论去除PCR重复与否
项目名称:染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告(解读) 所属分类:生物信息学分析-报告解读 联系电话:020-85625352 QQ:386244141 Email:servers@gzscbio.com 技术服务描述 此文为Chip-seq报告的解读文件: 以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息 结果解读位于每一小节末尾 1. 工作流程 染色体免疫共沉淀(ChIP)...
使用染色质免疫沉淀结合深度测序(ChIP-seq)分析。 一种新的蛋白质组学方法“Contact-ID”是一种基于 生物素化的邻近标记技术邻近依赖性重组后两个分裂 BioID 组件的活性,用于分析活细胞。这项研究确定了 115 种…
为了解决这个问题,ChIPseq 中的一个常见操作是在所有样本中定义一组非冗余峰。为此,我们首先将所有重复...
所以,我们测序测到20 M有效片段就够了。 至于ChIP-seq的生信分析流程,见下图: 在ChIP-seq实验中,做不做IgG呢? 我们的客户也经常说要做IgG,当然,可能是ENCODE上这么写了:Each ChIP-seq experiment should have a corresponding input or IgG control experiment with matching run type, read length, and replica...