染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异p...
染色质免疫共沉淀测序CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步:1)整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。2)筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的...
一、介绍 染色质免疫共沉淀测序(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing,ChIP-Seq)是指将深度测序技术与ChIP实验相结合分析全基因组范围内DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用、核小体定位或DNA甲基化的高通量方法。随着新一代测序技术的发展和成熟,使得这项技术可应用到各种基因组序列已知的物...
此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ...
项目名称:染色质免疫共沉淀测序ChIP-Seq结题报告(解读) 所属分类:生物信息学分析-报告解读 联系电话:020-85625352 QQ:386244141 Email:servers@gzscbio.com 技术服务描述 此文为Chip-seq报告的解读文件: 以下红字灰色背景为每一小节的结果解读信息 结果解读位于每一小节末尾 1. 工作流程 染色体免疫共沉淀(ChIP)...
ChIP与下一代高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术具有成本低、效率高、检测的灵敏度和覆盖度高等优势,...
使用染色质免疫沉淀结合深度测序(ChIP-seq)分析。 一种新的蛋白质组学方法“Contact-ID”是一种基于 生物素化的邻近标记技术邻近依赖性重组后两个分裂 BioID 组件的活性,用于分析活细胞。这项研究确定了 115 种…
染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将ChIP与新一代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。
M. 在HN30细胞中过表达circE7,CHIP-seq peaks显示H3K27ac的整体水平。 N. hockey stick plot显示在HN30细胞中,与Vector和OE-circE7相比,突出显示SE相关基因的input归一化、等级排序的H3K27ac信号。 O. 在GSE1855312和ENCODE数据库中分析LGALS9启动子区域的H3K27Ac水平。