染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异p...
三、提供构建好的DNA文库,请商业化二代测序公司对文库进行测序,生信分析和作图。 ChIP-seq生物信息学分析流程一览图 下机数据的生信分析步骤 Illumina二代测序平台的ChIP-seq流程 适用于传统超声法断裂和MNase酶切法切断的DNA文库 Illumina二代测序平台的ChIP-seq建库流程 Illumina二代测序平台的两种接头adaptors类型 适...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因...
染色质免疫共沉淀测序(chip-seq) 简介 染色质免疫沉淀技术(Chromatin immunoprecipitation assay, ChIP)是目前唯一研究体内 DNA 与蛋白质相互作用的方法,主要包括 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 两种。利用 ChIP-seq 技术能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的 DNA 区段。 原理 真核生物的基因组 ...
先锁定DNA和蛋白质,裂解,抗原富集特定DNA,解锁DNA和蛋白质,就得到了我们想要的DNA片段,测序分析。 Paper:RYBP and Cbx7 Define Specific Biological Functions of Polycomb Complexes in Mouse Embryonic Stem Cells 实验设计方面: ChIP-seq of RYBP, Cbx7, Ring1B, Suz12, and H2AK119Ub (knock down了一些基因...
M. 在HN30细胞中过表达circE7,CHIP-seq peaks显示H3K27ac的整体水平。 N. hockey stick plot显示在HN30细胞中,与Vector和OE-circE7相比,突出显示SE相关基因的input归一化、等级排序的H3K27ac信号。 O. 在GSE1855312和ENCODE数据库中分析LGALS9启动子区域的H3K27Ac水平。
#流程大放送#染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 介绍 染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)也称结合位点分析法,是讨论体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具,通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的讨论。将 ChIP 与其次代测序技术相结合的 ChIP-Seq 技术,能够高效地在全基因组范围内检测...
通过预测发现 C8orf76 是核内的潜在转录因子,经 ChIP-seq(由伯豪生物提供)分析发现 C8orf76 会直接调控 lncRNA DUSP51P,发现 siRNA DUSP5PA 后,会明显抑制癌症进程。 因此全文通过完整的实验设计证实了 C8orf76 直接与致癌的 lncRNA DUSP5P1 结合以诱导其表达并激活 MAPK 信号传导,从而促进癌症发生,同时还...