染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
关于染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)研究思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
ChIP-Seq是一种检测细胞内蛋白/DNA互作组的高通量技术。该技术通过联合免疫共沉淀技术和DNA测序技术,对目的蛋白在特定细胞/组织内的互作蛋白/DNA,进行系统的检测和分析。该技术适用于目的蛋白在特定细胞/组织中的蛋白/DNA互作组数据检测,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异研究。因此,ChIP-Seq是研究细胞内蛋...
ChIP(chromatin immunoprecipitation assay, 染色质免疫共沉淀)是研究体内DNA与蛋白结合的重要技术,主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种;其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段,ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。 先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物,并用超声波破碎DNA至适合的长度。细胞裂解后,...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation , ChIP)是研究蛋白质与DNA互作的标准方法。通过与高通量测序技术相结合,研究者开发了ChIP-seq技术,从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段信息,目前被广泛应用于转录调控、表观遗传等研究领域。但是ChIP-seq的应用存在诸多限制:整个过程十分复杂,实验重复...
利用 ChIP-seq 技术能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、转录因子等互作的 DNA 区段。 原理 真核生物的基因组 DNA 以染色质的形式存在。使用甲醛将目的蛋白和 DNA 交联固定,并通过超声处理或核酸酶消化使染色质碎裂;再利用抗体特异性沉淀分离组蛋白或转录因子等及其结合的染色质,即染色质免疫共沉淀产物;...
chip-seq染色质免疫共沉淀原理1. 概述chip-seq技术 1.1 chip-seq是一种用于研究染色质蛋白与DNA相互作用的技术 1.2 蛋白与DNA的相互作用对于基因表达和细胞功能非常重要 1.3 chip-seq技术的原理是利用染色质免疫共沉淀(ChIP)和高通量测序(sequencing)相结合 2. ChIP-seq技术的步骤 2.1 细胞或组织的交联 2.2 细胞...