实验之后,就是后面的ChIP-seq测序了 ,我们【科研日精进课堂】安排在4月份(04.18-04.22)推出“ChIP-seq 数据分析实战”5天培训课程,通过此次课程,可以掌握CHIP-seq数据分析的基本方法,以及如何对CHIP-seq基序进行定位,对motif进行富集,转录因子功能分析,CHIP-seq结果进行可视化等。报名入口请看“科研日精进”微信公众号...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
原始 ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。FASTQ 在此 ChIPseq 研讨中，我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 ...
诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
· 此外，ChIP-seq等高通量技术的应用可以在全基因组范围内揭示蛋白质-DNA相互作用，为理解复杂的基因调控网络提供了强大的工具。结论 染色质免疫沉淀（ChIP）实验是研究蛋白质与DNA相互作用的重要技术。通过精确的实验设计、严格的样品处理和详细的数据分析，ChIP实验不仅可以揭示转录因子的DNA结合位点，还能深入理解基因...
关于染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)研究思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation),是检测转录因子等蛋白与DNA之间相互作用的主要实验方法之一。在活细胞内使用甲醛将DNA和蛋白交联,使用超声将染色质切成很小的片断,并沉淀下来。通过目的蛋白的抗体将蛋白免疫共沉淀,富集。通过定量PCR检测使用特异性引物对蛋白可能结合的DNA进行扩增检测。
•即使您的实验是ChIP-Seq,在将ChIP所得DNA送测序之前,通过qPCR检查一些目标区域以确认富集是否有效。 图2.使用抗组蛋白H2A-Ub兔多克隆抗体的内源组蛋白H2A-Ub的富集。使用InvitrogenTM抗-H2A-Ub兔多克隆抗体(货号720148),使用AppliedBiosystemsTMMAGnifyTM染色质免疫沉淀系统(货号49-2024),在来自2x106个HeLa细胞的...
DNA纯化和分析:释放的DNA被纯化,并通过PCR、qPCR、微阵列或测序(如ChIP-seq)等方法进行分析,以确定特定蛋白质在基因组中的结合位点或组蛋白修饰的分布。 数据分析:对于ChIP-seq等高通量测序数据,需要通过生物信息学工具进行分析,以识别富集的DNA区域,并通过比较不同样本或条件下的数据来揭示蛋白质-DNA相互作用的差异...