小写代表read1的输入输出,大写代表read2的输入输出(双端测序指令) .gz后缀是表示压缩文件,可以用gzip命令解压。一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R...
更新一下ChIP-Seq数据分析的总结,前两天才发现我放在知乎上的ChIP-Seq数据分析方法还是我刚读研那会写的,写得比较详细但对很多操作的理解不如现在深,所以打算再发一篇。SE型是Single End的缩写,是指单端测序;PE是指Pair End双端测序,因为DNA是双链结构,所以我们捕获的DNA片段是一对反向互补序列,我们可以只测其中...
computeMatrix reference-point-p16--referencePointTSS-b2000-a2000-Sbw/*.bw-R~/maos/annotation/chipseq/mm9/ucsc.refseq.jimmy.bed--skipZeros-o2000.mat.gz plotHeatmap-m2000.mat.gz-out2000.heat.png plotProfile-m2000.mat.gz-out2000.profile.png--perGroup plotHeatmap--dpi720-m2000.mat.gz-out2000...
二、分析流程概述 ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
然后进行排序(按照坐标和nam),利用排好序的bam文件来进行fixmate校正以及去重,双端测序数据用samtools ...
-x参数指定参考基因组索引文件的前缀,-1参数指定双端测序结果的第一个文件,-2参数指定双端测序结果的第二个文件。5. 使用samtools将sam转换成bam:使用samtools命令将sam文件转换为bam文件,其中view命令将sam文件转换为bam文件。通过以上步骤,可以完成ChIp-seq数据分析的基本流程。
图1:ChIP-seq技术流程示意图 三、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)信息分析流程 图2:ChIP-seq信息分析流程示意图 (一)原始下机数据质控 原始下机数据为FASTQ格式,是高通量测序的标准格式。FASTQ文件每四行为一个单位,包含一条测序序列(read)的信息。该单位第一行为read的ID,一般以@符号开头;第二行为测序的序列,也就...
RNA测序( RNA-seq )在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着的发展,RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究,比如单细胞基因表达、RNA翻译( translatome )和RNA结构组( structurome 结构组学)。新的有意思的应用,如空间转录组学( spatialomics )也...
2、什么是ChIP-seq测序建库技术 ChIP即染色质免疫共沉淀技术(Chromatinimmunopre-cipitation, ChIP),它是在生理状态下, 利用甲醛将细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink),从而形成复合物,然后经细胞裂解、细胞核收集和裂解, 分离染色体, 通过超声或酶处理将染色质随机切割, 再通过抗原抗体的特异性识别反应沉淀此复合体...
染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq 比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq 已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。