ChIP-seq ChIP-Seq •染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。•RocheGSFLXTitanium、IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4这3种测序技术均可以用于ChIP-seq，其中采用IlluminaSolexaGAIIx进行ChIP-Seq已有较多文献...
Chip-seq的原理主要包括以下几个步骤:样品处理、免疫沉淀、DNA提取、测序和数据分析。 首先,样品处理是为了获得高质量的细胞或组织样品。样品要经过交联处理,将蛋白质与DNA交联在一起,然后通过细胞裂解和核蛋白提取等步骤,将染色质释放出来。 接下来,免疫沉淀是将特定的抗体与目标蛋白质结合,形成抗体-蛋白质复合物。
ChIP-seq 分析:文库的复杂性和丰富性(7) 1. 文库复杂性 ChIPseq 中的一个潜在噪声源是 ChIPseq 库在 PCR 步骤中的过度放大。这可能会导致大量重复读取,从而混淆峰值调用。 complexity 2. 重复 我们应该比较样本之间的重复率,以确定任何经历过度放大的样本,从而确定复杂性较低的可能性。 flattagcounts() 函数报...
4.一种单细胞ChIP‑seq文库制备方法,其特征在于,所述方法包括以下步骤: 步骤一、Tn5转座元件组装,合成一段同时带有Tn5寡核苷酸、细胞身份标签和测序引物 接头的DNA片段,与Tn5转座酶组装,即形成Tn5转座子; 步骤二、细胞经过甲醛固定后,用流式细胞仪分配单细胞到96孔板中,利用步骤一获得 的Tn5转座子,对每个细胞...
chip_seq质量评估之文库复杂度 欢迎关注”生信修炼手册”! 在ENCODE提供的一系列质控指标中针对文库复杂度,提出了以下3种指标 NRF PBC1 PBC2 NRF代表的是非冗余reads的比例,与参考基因组比对之后,我们可以得到所有比对上的reads, 其中有一部分是unique mapping的reads, 这些reads唯一比对到基因组上的一个位置,NRF就...
Chip-seq技术可以在全基因组水平上鉴定和定量特定蛋白质与DNA的相互作用。它由两个主要步骤组成:免疫沉淀和DNA测序。 首先,细胞或组织样本中的蛋白质要与DNA相互作用的区域需要被交联。这可以通过添加一个交联剂(如甲醛)来实现。交联后,细胞核被打破,DNA和蛋白质相互作用的复合物被释放出来。然后,一个特定的抗体可...
Chip-seq简介Chip-seq简介 染色质免疫共沉定技术,可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用,首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序,即形成了一套成熟的分析流程,...
ChIP-Seq是将深度测序技术与ChIP实验相结合分析全基因组范围内DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位或DNA甲基化的高通量方法,可以应用到任何基因组序列已知的物种,并能确切得到每一个片段的序列信息。相对于ChIP-chip技术,ChIP-Seq是一种无偏向检测技术,能够完整显示ChIP富集DNA所包含的信息。ChIP-Seq的优势在...
chip-seq文库制备 illumina平台 现货供应!!! 产品名称:TruSeq ChIP Library Preparation Kit - Set A 产品货号:IP-202-1012 产品规格:12 indexes, 48 Rxns 产品亮点: illumina Truseq Chlp Library PreparationKit文库制备试剂盒用于Chlp来源DNA的染色质免疫沉淀测序文库制备。大约1.5天完成5ng DNA文库的制备。TruSe...