ChIP-seq ChIP-Seq •染色质免疫共沉淀测序（ChIP-Seq）是指对染色质免疫共沉淀（ChIP）获得的DNA片段进行大规模测序，并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。•RocheGSFLXTitanium、IlluminaSolexaGAIIx和ABSOLID4这3种测序技术均可以用于ChIP-seq，其中采用IlluminaSolexaGAIIx进行ChIP-Seq已有较多文献...
Chip-seq的原理主要包括以下几个步骤:样品处理、免疫沉淀、DNA提取、测序和数据分析。 首先,样品处理是为了获得高质量的细胞或组织样品。样品要经过交联处理,将蛋白质与DNA交联在一起,然后通过细胞裂解和核蛋白提取等步骤,将染色质释放出来。 接下来,免疫沉淀是将特定的抗体与目标蛋白质结合,形成抗体-蛋白质复合物。
Chip-seq技术可以在全基因组水平上鉴定和定量特定蛋白质与DNA的相互作用。它由两个主要步骤组成:免疫沉淀和DNA测序。 首先,细胞或组织样本中的蛋白质要与DNA相互作用的区域需要被交联。这可以通过添加一个交联剂(如甲醛)来实现。交联后,细胞核被打破,DNA和蛋白质相互作用的复合物被释放出来。然后,一个特定的抗体可...
ChIP-seq 分析:文库的复杂性和丰富性(7) 1. 文库复杂性 ChIPseq 中的一个潜在噪声源是 ChIPseq 库在 PCR 步骤中的过度放大。这可能会导致大量重复读取,从而混淆峰值调用。 complexity 2. 重复 我们应该比较样本之间的重复率,以确定任何经历过度放大的样本,从而确定复杂性较低的可能性。 flattagcounts() 函数报...
Chip-seq简介Chip-seq简介 染色质免疫共沉定技术,可以研究生物体内DNA与蛋白质的相互作用,首先在活细胞内固定DNA与蛋白结合的复合体,然后用蛋白特异性的抗体,通过抗原抗体特异性结合的免疫学手段捕获该复合体,然后洗脱蛋白质,得到与目的蛋白结合的DNA片段,将富集到的DNA片段进行上机测序,即形成了一套成熟的分析流程,...
ChIP-Seq文库构建方法 一、样本要求 1)浓度≥10ng/μL,总量≥200ng,OD260/280为1.8-2.2,若单次ChIp的量不够,建议将2-3次ChIp的DNA合并在一起 2)提供DNA片段大小的凝胶电泳图,要求片段大小不超过400bp 3)样品用1.5mL离心管,用Parafilm封口,冰袋保存...
ChIP-seq技术的核心原理是利用染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)技术结合高通量测序技术(Sequencing)。通过这种方法,研究人员可以识别转录因子在基因组中的结合位点,进而分析其对基因表达的调控作用。ChIP-seq技术的关键步骤包括:样品准备、染色质免疫沉淀、DNA片段的纯化和测序。 1.2 ChIP-seq技术的应用场...
在ChIP-seq中，特异性抗体⽤于直接或通过包含靶因⼦的复合物中的其他蛋⽩质提取结合⾄靶蛋⽩的DNA⽚段。在DNase-seq中，染⾊质被DNA酶I内切核酸酶轻微消化。⼤⼩选择⽤于富集在DNA对DNA酶I攻击⾼度敏感的染⾊质区域产⽣的⽚段（在初期会⽣成包含各种长度的DNA⼩⽚段，但是⼀般...
在ChIP-seq数据的分析中,一个重要的步骤是Callpeak。Callpeak是一个用于识别ChIP-seq数据中蛋白与DNA结合位点的算法。其主要目的是从测序数据中识别出富集的区域,即可能与特定蛋白结合的DNA序列。 Callpeak的原理是通过对ChIP-seq数据进行统计学分析,识别在基因组中具有高富集性的区域。这种高富集性可能是由于特定蛋白...
ChIP-seq FunctionalgenomicsBioinformatics ChIP-seqdataanalysis ChromatinImmunoPrecipitationassay染色质免疫沉淀技术tounderstandtranscriptionalregulation Problems •WhatisChIP-seqtechnology?WhatbiologicalinformationcanbeobtainedfromChIP-seqdata?•Whatisthepeakcalling?Howtoperformit?•WhatisTFBS?Isthereanypossibilityto...