1.ChIP-Seq 1) 实验原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600 bp范围内,再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,纯化之后进行文库的构建并测序。 2)实验流程 图1. ChIP-Seq实验流程 3)实验难点 » 时间长,一次实验需要2~...
2.1. ChIP Sequencing 文库质检结果 文库片段质检,ChIP文库的染色质片段在100-500bp之间,建库加入约140bp的接头后,片段应该分布在250-700bp之间为最好。 Fragment Analyzer (FA)毛细管电泳检测: 检测结果汇总:(以下结果中文库大小为 FA 判定结果) 此节内容为Chip-seq文库构建质检结果展示: 图中展示了各个样本文库大...
chip_seq质量评估之文库复杂度 欢迎关注”生信修炼手册”! 在ENCODE提供的一系列质控指标中针对文库复杂度,提出了以下3种指标 NRF PBC1 PBC2 NRF代表的是非冗余reads的比例,与参考基因组比对之后,我们可以得到所有比对上的reads, 其中有一部分是unique mapping的reads, 这些reads唯一比对到基因组上的一个位置,NRF就...
(一)CHIP-seq实验过程 CHIP实验获得的DNA样品进行建库,上机测序。 本研究使用 Diagenode 公司 MicroPlex Library Preparation Kit v2 为例,进行ChIP-seq 建库,具体操作步骤如下: 1. 样本质检:在建库之前需要对样本进行质量控制检测。使用 Life 公司 Qbit 定量 试剂盒对 ChIP 得到的 DNA 样本进行定量。然后使用安捷...
从计算公式也可以看出,这几个指标的值越大,说明文库中unique mapping reads越多,文库的复杂度越高。通过bedtools可以方便的计算这几个指标,代码如下 bedtools bamtobed-i10K.nodup.bam|\awk'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$6}'|\grep-v'chrM'|\sort|\uniq-c|\awk'BEGIN{mt=0;m0=0;m1=0;m...
从计算公式也可以看出,这几个指标的值越大,说明文库中unique mapping reads越多,文库的复杂度越高。通过bedtools可以方便的计算这几个指标,代码如下 bedtools bamtobed -i 10K.nodup.bam | \ awk 'BEGIN{OFS="\t"}{print $1,$2,$3,$6}' | \ ...
首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www.bioinformatics.bbsrc.ac.uk/projects/fastqc/）或Fastx-toolkit（http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/）进行质量控制，以去除接头和其它污染序列，...
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上,从而...
ChIP-Seq实验原理:示意图为Fig.1和Fig.2.在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割,利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来,再通过反交联(Reverse crosslink)释放结合蛋白的DNA片段,最后测序获得DNA片段的序列。 注意:...
公司已有成熟的ChIP-seq,RNA-seq,甲基化及各种文库构建服务流程,具有丰富的文库构建和测序分析经验。同时,公司也开发多项前沿的实验技术,现已形成完善的ATAC-seq,CUT&TAG-seq体系。 除此之外,在基础科研服务方面,我们也有巨大优势。传统优势服务包括RNA pull down,DNA pull down,RIP,co-IP,细胞功能,流式检测,...