4. 免疫沉淀:磁珠捕获抗体-蛋白-DNA复合物; 5. 洗涤:去除非特异性结合; 6. 解交联:高温处理分离DNA和蛋白; 7. DNA纯化:提取目标DNA片段; 8. 文库构建:末端修复、加接头并PCR扩增; 9. 测序:高通量测序获取序列信息。 流程覆盖实验关键步骤且逻辑连贯,问题完整无缺漏。反馈 收藏
Chip-seq上游分析流程学习(四) 本次分析步骤包括:环境部署——数据下载——查看数据(非过滤)——数据质控清洗——数据比对——去除pcr重复——peaks calling——可视化 IGV可视化 首先确定基因组,如果需要研究其他物种的则需要自行下载 从File列表中load from File 载入bed文件 可以输入不同的基因,比如TP53进行查看~ ...
染色质免疫共沉淀-高通量测序(ChIP-Seq):是指通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建;然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序,是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段,为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。 二、...
pyflow-ChIPseq 是一个基于snakemake搭建的自动化flow,可以通过自动化和标准化 ChIP-seq 文件的处理来简化工作流程。 pyflow-ChIPseq 通过 Snakemake 框架提供灵活性,并支持不同的计算环境,如 LSF(已实现)和计划中的 Torque 系统。用户可以通过配置文件(如 config.yaml)自定义设置,例如基因组路径、p 值截止值等,默...
ChIP-Seq 的工作流程包括ChIP(染色质免疫沉淀)和Sequencing(测序)两部分: ChIP 交联(Cross-linking):首先,通过添加甲醛等交联剂,将细胞中的蛋白质与 DNA 交联在一起,形成稳定的蛋白质-DNA 复合物。 染色质切割(Chromatin Fragmentation):然后,将染色质切割成较小的片段,通常在 500 碱基对以下,以便后续的分析。
(2)处理流程 组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。 组蛋白分析流程可以解析点状结合和更长的染色质结构域,这些结构域由许多靶蛋白或靶修饰实例结合。组蛋白ChIP-seq 流程的output适合作为将染色质区域分类为功能类别的染色质...
### CHIP-seq实验流程 CHIP-seq实验可以分析特定蛋白质结合的基因位点,从而探究蛋白质与基因表达的关系。以下是CHIP-seq实验的详细步骤:1️⃣ 交联:使用交联剂将蛋白质与其结合的DNA紧密结合。交联是非特异性的,所以所有与DNA结合的蛋白质都会紧密结合。2️⃣ DNA片段化:将长片段的DNA打成小片段(约200bp)...
第一部分：Chip-seq实验流程 1. 细胞或组织样品的处理：首先，需要从感兴趣的细胞或组织中提取染色质。常用的方法包括细胞裂解、核裂解和DNA剪切等步骤。这些步骤的目的是获得高质量的染色质样品。2. 免疫沉淀：接下来，将特定抗体与染色质样品一起孵育，使抗体与目标蛋白质结合。这一步骤的目的是选择性地富集与...
大家好!今天我们来详细介绍一下ChIP-seq的全流程,帮助大家更好地理解和掌握这项技术。 细胞准备与交联 🧬 目的:通过甲醛交联固定细胞,稳定蛋白质与DNA的相互作用,为后续实验提供稳定的样本基础。 操作步骤: 培养细胞至75%-85%的密度,弃去培养基,用预冷的1XPBS漂洗2次。 加入新鲜配制的含1%甲醛的PBS固定液,室...
ChIP-seq是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的技术,其基本流程包括以下步骤: 1.细胞固定与染色质断裂 细胞培养:在适当的条件下培养细胞,使其处于所需的生理状态。 细胞固定:使用化学试剂(如甲醛)将细胞固定,以保持蛋白质与DNA的相互作用。 染色质断裂:通过超声破碎或酶消化等方法将染色质断裂成小片段,以便后续的免...