最后一步是逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,然后纯化释放的DNA片段。通过实时荧光定量PCR(ChIP-qPCR)检测纯化出的DNA的质量,确定基因组感兴趣区域的富集程度。 经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进...
再利用抗原抗体的特异性识别反应,将与目的蛋白相结合的DNA片段沉淀下来。最后,去交联并对纯化后DNA进行PCR扩增,高通量测序,最后与已有基因组序列进行比对,以确定 DNA与蛋白质结合的序列。 问题分析 1.甲醛交联对后续结果分析的影响? 自从Orlando V等人首次发明了ChIP技术,十几年后核心步骤仍无大变化。然而,ChIP-seq...
最后一步是逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,然后纯化释放的DNA片段。通过实时荧光定量PCR(ChIP-qPCR)检测纯化出的DNA的质量,确定基因组感兴趣区域的富集程度。 经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进...
最后一步是逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,然后纯化释放的DNA片段。通过实时荧光定量PCR(ChIP-qPCR)检测纯化出的DNA的质量,确定基因组感兴趣区域的富集程度。 经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进...
去除duplication。由于PCR过度扩增,会导致同一个模板DNA在文库中出现多次,因此可能被多次测到,这种片段称为duplication。这些片段的存在不仅不会增加有用信息量,反而会导致后续统计产生偏差,因此需要去除。 去除多重比对reads。多重比对reads指比对至基因...
(1)去除duplication。由于PCR过度扩增,会导致同一个模板DNA在文库中出现多次,因此可能被多次测到,这种片段称为duplication。这些片段的存在不仅不会增加有用信息量,反而会导致后续统计产生偏差,因此需要去除。 (2)去除多重比对reads。多重比对reads指比对至基因组多于一个位置的reads,这些reads的存在可能影响统计结果的...
可以进行电泳，检测超声效果，同时，可以与最后ChIP样本进行比较，看ChIP的效率（如果用同一引物进行PCR，...
为直接检测这种对DasR介导抑制的增强,通过实时RT-PCR检测转录,对包括nagK、nagB-II、nagA、nagF和nagE2在内的GlcNAc同化相关基因进行验证。验证结果与ChIP-seq数据一致,所选基因的抑制在OdisA中显著增强(图3e)。然而ΔdasR::disA菌株结果表明,在dasR缺失条件下,c-di-AMP对GlcNAc同化相关基因的转录没有影响,表明c-...
CUT&Tag可以对极少量细胞(60个细胞)进行操作,实现单细胞测序。Protein A-Tn5在细胞内进行核酸切割,PCR之前的反应都在细胞内进行。 图2. 单细胞CUT&Tag测序流程(Henikoff,2019) CUT&Tag VS ChIP-Seq 信噪比更高 Henikoff等通过三种方法来对组蛋...