ChIP-seq一般去重复(起始量低) call SNP一般去重复(PCR扩增错误影响SNP识别位点置信度) PCR去重工具首选Picard 万事无绝对,还需参考起始量和PCR扩增数判断是否去重复。reads mapping覆盖均匀度可以判断是否需要去重复。 根源上解决去重复问题:起始量高,循环数少,reads能长不短,能双端不单端 ChIP-se
#chip-seq去重复原因:主要观点是由于chip建库的样本起始量低,扩增次数多,PCR的偏好性(偏好性导致样本会不均一的扩增,即有的扩增多,有的扩增少,从而导致偏差)等综合导致的,而RNA-seq建库样本起始量高,并且有表达量很高的位点,出现重复很可能是样本 cd~/chip-seq/3bwa/bam ls *sorted_bam|whilereadiddonohup ...
以下就是ChIP-seq的几个主要应用方向： 1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况，以剖析表观遗传特征和生物学功能；2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点，解析该转录因子作用的通路信息；3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱，核小体定位在转录调控，DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用；4、ChIP-s...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异p...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片...
也难免会出现几个区域在计数上显示出显著差异的情况（这属于FDR的一部分）。最终，我们会对选定的ChIP-seq峰值进行Q-PCR验证，以确保结果的准确性。此外，对于那些具有明确motif表征的转录因子，我们还可以进一步检查这些显著峰值中出现的motif，以深入分析研究蛋白与染色质之间的相互作用。
如果样本间的本质差异越大,越需要设置重复,例如从不同人取的样本。 五、易基因染色质免疫共沉淀测序项目文章案例 (一)组蛋白修饰ChIP-seq Huang Y,et al.JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nat Commun. 2020 Oct 8;11(1):5061. ChIP-seq揭示H3K27me3去甲基化...
重复率(Duplication rate) 说明数据中存在的重复读取的比例。高重复率可能表明样本中存在大量PCR或测序过程中的重复,这可能会影响后续分析如峰调用的效果。 报告文件(JSONand HTML reports) 提供了详细的质量控制报告的链接,这些报告以更直观的方式展示数据质量和处理结果,方便进行深入分析。
No!一般不建议用IgG产物作为ChIP-seq的对照,原因如下: 大多数IgG抗体与转录因子或组蛋白抗体不是来源于同一动物的免疫前血清。IgG通常能富集到很少的DNA,导致后期建库过程中PCR循环数增加,不能达到作为对照去除背景噪音的目的。Input可以很好的避免上述问题,起到去除背景噪音的作用。此外通过IP与input比较可以验证染色质...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70（表1），它能够调节snc2-1D中水杨酸（Salicylic acid，SA）独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析，证实WRKY70是SARD1的结合靶点（图7a）。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中，病原体诱导的ICS1...