在PCR分析这一块,比较传统的做法是半定量-PCR。但是现在随着荧光定量PCR的普及,大家也越来越倾向于Q-PCR了。 随着二代测序技术的不断发展,对未知的DNA序列可进行chip-seq分析。 CHIP实验的优缺点 CHIP与常用的DNA与蛋白相互作用的实验方法的比较 CHIP实验相关问题总结 C...
一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-PCR、ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 7.1 ChIP-PCR和ChIP-qPCR分析 ChIP-PCR和ChIP-qPCR分析最适合单基因分析,并且可用来以一种快速合算的方式对特定 DNA 片段进行扩增和定量。 7.2 ChIP-芯片分析(chip-chip) ChIP-芯片分析使用覆瓦式 DNA 微阵列芯片,...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
4℃,3000g,离心3min;弃上清液; 用1ml预冷的1X PBS重悬细胞,用3000g,4℃,5min离心,去上清。 f. 重复e步骤一遍(此步骤沉淀可冻存于-80℃); 2. 胞核制备和染色质碎裂: 用200ul Membrane Extraction Buffer(使用前加入2ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂)重悬细胞;冰上静置10min; 4℃,3000g,离心3min;弃上清液; ...
ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个ChIP-seq peaks周围100 bp区域显著富集的DNA序列motif。
ChIP-seq服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——文库构建——Hiseq上机测序、数据质控 其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR...
去除染色质交联之后,使用典型的酚-氯仿及随后的乙醇沉淀方法或使用 DNA纯化柱试剂盒来进行DNA纯化。一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联...
通过实时荧光定量PCR（ChIP-qPCR）检测纯化出的DNA的质量，确定基因组感兴趣区域的富集程度。经过上面的实验后，就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www....
二、PCR分析 技术结合 CHIP-seq ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区...