客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——文库构建——Hiseq上机测序、数据质控 其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR扩增及DNA产物片段...
一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联剂的选择和使用方法很重要! 甲醛:甲醛是最常用的交联剂,是零长度交联剂,是两种直接相互作用的分子...
4℃,3000g,离心3min;弃上清液; 用1ml预冷的1X PBS重悬细胞,用3000g,4℃,5min离心,去上清。 f. 重复e步骤一遍(此步骤沉淀可冻存于-80℃); 2. 胞核制备和染色质碎裂: 用200ul Membrane Extraction Buffer(使用前加入2ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂)重悬细胞;冰上静置10min; 4℃,3000g,离心3min;弃上清液; ...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 3、结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP...
一旦完成了 DNA 纯化，便可进行多种下游分析，包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
通过实时荧光定量PCR（ChIP-qPCR）检测纯化出的DNA的质量，确定基因组感兴趣区域的富集程度。经过上面的实验后，就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www....
二、PCR分析 技术结合 CHIP-seq ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70（表1），它能够调节snc2-1D中水杨酸（Salicylic acid，SA）独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析，证实WRKY70是SARD1的结合靶点（图7a）。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中，病原体诱导的ICS1...