4、对Input、IP进行建库和测序可进行ChIP-seq分析,设计引物进行qPCR则为ChIP-qPCR实验。 二、引物设计 2-△△CT法计算原理会假设目标基因在不同的富集产物中的PCR效率基本相似,且ChIP在富集时会对DNA进行打断,因此在引物设计时,产物的长度不宜太长,通常150bp附近最佳。 对于富集类实验,老师可以根据前期seq的结果预...
与实时荧光定量 PCR 结合的 ChIP-qPCR,常用于检测蛋白质与特定位点的 DNA 是否有结合及结合的强度;与基因芯片结合的 ChIP-on-chip,广泛应用于特定靶标的高通量筛选;与高通量测序结合的 ChIP-seq,越来越多地被用于分析目标蛋白的全基因组结合情况。交联染色质免疫共沉淀 (Crosslinked ChIP, XChIP)需要交联固定,...
反映免疫沉淀和PCR扩增过程中的偏好,通常ChIP-seq数据的GC峰值与参考基因组相似。(例如,人类约为50%)。GC偏差(例如,人类超过60%)经常由于PCR扩增偏好和/或来自与CpG岛相关的“超富集”区域的假阳性峰而表现出来。 图2:使用 ROADMAP组蛋白修饰数据的QC 分析。(A)六个组蛋白修饰和input样本的四个QC评分分布;(B...
染色质免疫沉淀技术(ChIP)是在全基因组水平研究生命体组织或细胞内蛋白质与DNA相互作用的一种技术方法。CHIP又分为CHIP-qPCR(已知蛋白和靶序列)和CHIP-seq(已知蛋白和未知序列)。CHIP应用于检测与蛋白结合的DNA序列,常用于研究转录因子或组蛋白修饰。并且CHIP与其他方法的结合,扩大了其应用范围:CHIP与基因芯片相结合...
ChIP-seq技术 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与二代测序技术相结合就有了ChIP-seq技术,能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。首先通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化与文库构建;然后对富集到的DNA片...
二、PCR分析 技术结合 CHIP-seq ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等相互作用的DNA区...
ChIP-seq服务流程 客户在线下单——订单/实验材料确认——细胞培养——1%甲醛交联蛋白-DNA复合物——超声打断蛋白-DNA复合物——抗体沉淀蛋白-DNA复合物——解交联并纯化DNA片段——文库构建——Hiseq上机测序、数据质控 其中文库构建流程：（1）DNA片段末端修复；（2）3’端加A碱基；（3）连接测序接头；（4）PCR...
如图,这个 ChIP-Seq 的数据的各个质控参数都还可以,PBC>82%,表明建库过程中没有 PCR bias。用 Phastcon 检测 ChIP-Seq 数据中结合位点的保守性,因为 TF 的 DNA 结合序列在物种间相对保守,这种中间峰值最高,两边对称降低的保守性分析结果,表明数据质量更为可靠...
通过实时荧光定量PCR（ChIP-qPCR）检测纯化出的DNA的质量，确定基因组感兴趣区域的富集程度。经过上面的实验后，就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库，再通过测序平台进行高通量测序。测序后，将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据进行分析。一般来说，测序的原始读取首先通过Fastqc（www....