3.4. MEME-ChIP 现在文件“mycMel_rep1.fa”包含适合 MEME-ChIP 中 Motif 分析的峰几何中心周围的序列。 在您自己的工作中,您通常会在本地安装了 MEME 的笔记本电脑上运行它,但今天我们会将生成的 FASTA 文件上传到他们的门户网站[1]。按照此处[2]的说明在本地安装 MEME。可以在此处[3]找到 MEME-ChIP 的...
ChIP-seq 分析:GO 功能测试与 Motifs 分析(12) 动动发财的小手,点个赞吧! 1. 包加载 我们可以使用 rGREAT 包中提供的 GREAT Bioconductor 接口。 library(rGREAT) 2. GO和功能测试 要提交作业,我们可以使用 Myc 峰的 GRanges 并使用 submitGreatJob 函数指定基因组。 此函数返回一个 GreatJob 对象,其中包含...
ChIP-seq 分析:GO 功能测试与 Motifs 分析(12) 动动发财的小手,点个赞吧! 1. 包加载 我们可以使用 rGREAT 包中提供的 GREAT Bioconductor 接口。 library(rGREAT) 2. GO和功能测试 要提交作业,我们可以使用 Myc 峰的 GRanges 并使用 submitGreatJob 函数指定基因组。 此函数返回一个 GreatJob 对象,其中包含...
msigProMotifs 3. Motifs 分析 3.1. Motifs 转录因子 ChIPseq 的一个常见做法是研究峰下富集的基序。可以在 R/Bioconductor 中进行从头富集基序,但这可能非常耗时。在这里,我们将使用在线提供的 MEME-ChIP 套件来识别新的基序。 MEME-ChIP 需要一个包含峰下序列的 FASTA 文件作为输入,因此我们使用 BSgenome 包提取...
ChIPseq 分析中的一个常见步骤是测试常见基因集是否富含转录因子结合或表观遗传标记。 精心策划的基因集的来源包括 GO 联盟(基因的功能、生物过程和细胞定位)、REACTOME(生物途径)和 MsigDB(计算和实验衍生)。 2. ChIPseq 的基因集测试 可以对具有与其相关联的峰的基因集执行基因集富集测试。在这个例子中,我们将考...
组蛋白修饰能预测染色质的类型(异染色质或常染色质)、区分基因组功能元件(启动子、增强子、基因主体)以及检测决定这些元件处于活性状态或是抑制状态。例如H3K4me2和H3K4me3修饰大多数富集在转录起始位点附近的启动子上激活基因表达,而H3K27me2和H3K27me3与基因抑制相关。因此可通过CHIP-seq分析组蛋白修饰的分布寻找基...
对增强结合信号基因进行GO和KEGG通路分析，表明在抗生素生物合成过程、碳氮和丙酮酸代谢以及多样环境中的微...
ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysis 7.Data visualization 1.Alignment base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0). ...
CHD6敲除后CHD6结合和MNase peak增加的KEGG通路分析CHD6敲除后CHD6结合和MNase peak增加的GO通路分析GSEA分析显示在MNase-seq信号增加或减少中CHD6激活基因(上)或CHD6抑制基因(下)的富集情况。MNase -seq设置3个生物学重复。 结论: 本研究利用染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 和转录组测序(RNA-seq)、MNase-...