做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ■简单验证; ■转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能;...
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序技术的结合,通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。能够在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列,特别是在转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的...
如果样本间的本质差异越大,越需要设置重复,例如从不同人取的样本。 关于易基因染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的...
(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
3、生物信息学数据分析(测序得到的reads与研究对象参考基因组比对,peak鉴定,GO数据库分析及KEGG数据库分析等) 4、生物信息学图表绘制(Peak峰图,火山图等) ChIP-seq实验原理一览图 操作步骤如下: 一、DNA文库构建 1、DNA片段粘性末端补平修复 2、5'端加磷酸基团及3'端加A ...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达引入突变后...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 ...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
应用于染色质免疫共沉淀(ChIP)的下游检测方法 除了做验证实验外,ChIP DNA也可进行测序分析和芯片分析,测序分析对应的方法是染色质免疫共沉淀(ChIP-SEQ);芯片分析对应的方法是ChIP-on-chip。 这两种方法都可以用于分析目的蛋白结合的未知序列。 1、实时定量 PCR ...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全...