(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序技术的结合,通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。能够在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列,特别是在转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的...
ChIP-seq技术能够提供更高的分辨率、更少的噪音和更大的覆盖范围,然而其只能在明确感兴趣的蛋白(或转录因子)后,才能针对性富集相应的DNA,因此,ChIP-seq需要与其他技术和方法相配合才能更好的进行表观基因组的研究。 (1)顺式调控元件 Promoter Enhancer/Super enhancer Silencer Operator (2)反式作用因子 转录因子 ...
用本试剂盒制备的免疫富集的DNA片段样本可用于ChIP-seq。要构建下游NGS测序用的DNA文库,请使用与您的下游测序平台相容的DNA文库制备实验步骤或试剂盒。 对于Illumina® 平台上测序,我们建议使用Engibody品牌的DNA建库试剂盒Smart-Lib™ DNA library Prep Kit for illumina®,该试剂盒专为酶切法和超声法得到的DNA...
Reads- 在分析的染色体内的样本reads数。 Dup%- 通过 MapQ 过滤的 reads 中标记为重复的百分比。 FragLen- 通过交叉覆盖方法估计的片段长度。 SSD- SSD 分数(htSeqTools)。 FragLenCC- 在片段长度处的交叉覆盖分数。 RelativeCC- 在片段长度处的交叉覆盖分数与reads长度处的交叉覆盖分数的比值。
此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ■简单验证; ■转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能;...
Homer是一种常用的Motif分析软件，其功能强大且易于操作。Motif分析的输入数据通常是经过MACS2进行peak调用后的bed文件，也可以是研究者自己整理的感兴趣区域bed文件。narrawPeak文件是ChIP-seq流程中一种特定格式的peak文件，展示了蛋白质与DNA结合的精确位置。为了使用Homer进行Motif分析，需要先安装和下载...