做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ■简单验证; ■转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能;...
(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达引入突变后...
图1 ChIP-seq流程 什么是motif分析? Motif是一段有特征的典型DNA短序列,中文翻译称为基序或模体,拥有生物学功能的保守性,包含特异性的结合位点,涉及某一个特定生物学过程。motif分析就是解析目标区域具有保守性的DNA结合位点,鉴定这些位点与靶基因之间存在的相互作用关系,从而更好地研究某一疾病发生发展的分子机制。
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
3、生物信息学数据分析(peak鉴定,GO数据库分析及KEGG数据库分析等) 4、生物信息学图表绘制(Peak峰图,火山图等) ChIP-seq实验原理一览图 操作步骤如下: 一、DNA文库构建 1、DNA片段粘性末端补平修复 2、5'端加磷酸基团及3'端加A 3、加测序用接头Adaptors ...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。在ChIP的基础上,用二代测序检测ChIP实验的DNA产物,将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 ...