ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)与二代测序技术的结合,通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)特异性地富集与目的蛋白结合的DNA片段,并对其进行纯化和文库构建,然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。能够在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列,特别是在转录因子、组蛋白修饰等表观遗传学的...
ChIP-Seq分析流程-下游的主要步骤有哪些? 在ChIP-Seq分析流程-下游中,如何进行峰值检测? ChIP-Seq下游分析中,如何进行基因组注释? 文接上回: https://mp.weixin.qq.com/s/7gADGKEthliI-1viN1FC7w 这次我们主要聊一下 peaks 基因组注释和富集分析。 peaks 注释 Peaks 注释主要是看一下我们发现的 peaks 在...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ■简单验证; ■转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能;...
(2)检测TF结合/组蛋白修饰的整体变化:CHIP-seq (3)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰的变化:CHIP-qPCR (4)检测下游靶基因的mRNA水平:RT-qPCR (5)检测下游靶基因蛋白质水平:Western blot (6)检测细胞功能/表型变化 三、靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 (1)目的基因结合/修...
ChIP-Seq 分析流程-下游 (1) 写在前面的话: 参考使用的文件资料是由哈佛陈生物信息学核心 (HBC) 教学团队成员开发的。另外也看了多个公众号文章和书籍。 Website: https://hbctraining.github.io/Intro-to-ChIPseq/ Github: https://github.com/hbctraining/Intro-to-ChIPseq...
做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: 简单验证 转录因子或组蛋白修饰添加基因的干扰实验(非靶向),验证是否影响目标基因表达和细胞功能 靶向目标区域的TF结合/组蛋白修饰干扰实验,检测其影响下游靶基因的表达 ...
03从公共数据库下载ChIP-seq数据 表1.ChIP-seq 公共数据库 04用于组蛋白修饰的ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。由于来自非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会混淆分析,因此应使用多种抗体验证意外的ChIP-seq结果。
此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路,进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的进一步验证或后期试验包括以下5个方面: ...
3、生物信息学数据分析(peak鉴定,GO数据库分析及KEGG数据库分析等) 4、生物信息学图表绘制(Peak峰图,火山图等) ChIP-seq实验原理一览图 操作步骤如下: 一、DNA文库构建 1、DNA片段粘性末端补平修复 2、5'端加磷酸基团及3'端加A 3、加测序用接头Adaptors ...