在本研究中,作者鉴定出SLFN5的过表达抑制了HIV-1的复制并降低病毒mRNA水平,而内源性SLFN5缺失则促进HIV-1复制。此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱...
Cloud Studio代码运行 # 设置CRAN镜像为清华大学options(repos=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# 设置 BioC_mirror 镜像为西湖大学options(BioC_mirror="https://mirrors.westlake.edu.cn/bioconductor")# 安装R包BiocManager::install(c("airway","DESeq2","edgeR","limma","ChIPpea...
[3]Kaneshige A, Bai L, Wang M, McEachern D, Meagher JL, Xu R, Wang Y, Jiang W, Metwally H, Kirchhoff PD, Zhao L, Jiang H, Wang M, Wen B, Sun D, Stuckey JA, Wang S. A selective small-molecule STAT5 PROTAC degrader capable of achieving tumor regression in vivo. Nat Chem ...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
内容和NAMEpeaks.xls基本一致,适合用于导入R进行分析。 NAMEsummits.bed:记录每个peak的peak summits,也就是记录极值点的位置。MACS建议用该文件寻找结合位点的motif。 NAME_model.r,能通过NAME_model.r作图,得到是基于你提供数据的peak模型 注:RYBP无peak数据(RYBP_model.r可以用),手动下载peaks数据 代码语言:...
NAMEpeaks.narrowPeakNAMEpeaks.broadPeak 类似。后面4列表示为, integer score for display, fold-change,-log10pvalue,-log10qvalue,relative summit position to peak start。内容和NAMEpeaks.xls基本一致,适合用于导入R进行分析。 NAMEsummits.bed:记录每个peak的peak summits,也就是记录极值点的位置。MACS建议用...
fastuniq -i xy.txt -o x_uniq_R1.fq -p x_uniq_R2.fq xy.txt文件中包含输入序列的名字,一行一个名字,格式如: x_R1_1.fastq y_R1_2.fastq 5、bowtie2 ①建索引:bowtie2-build -f z.fa z_index ②比对:bowtie2 -p 10 -x z_index -1 x_paired_R1.fq -2 x_paired_R2.fq -S x....
2、使用R语言,将Hiseq定量结果,汇总成表达矩阵 setwd("D:/Rworkplace/HTSeq") Adult1 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/35_sample.count", sep="\t", col.names = c("gene_id","readsSum")) Adult2 <- read.table("D:/Rworkplace/HTSeq/36_sample.count", sep="\t", col.names = ...