在本研究中,作者鉴定出SLFN5的过表达抑制了HIV-1的复制并降低病毒mRNA水平,而内源性SLFN5缺失则促进HIV-1复制。此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
我们再到R里面对peak_calling结果进行可视化 covplot(files[[1]]) # 单个文件 peak=GenomicRanges::GRangesList(DIPG=readPeakFile(files[[1]]),GBM=readPeakFile(files[[2]])) covplot(peak) + facet_grid(chr ~ .id)# 两个文件比对 image.png 同样可以明显地看到peak的差异 Homer-deeptools 根据我的实...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
NAMEpeaks.narrowPeakNAMEpeaks.broadPeak 类似。后面4列表示为, integer score for display, fold-change,-log10pvalue,-log10qvalue,relative summit position to peak start。内容和NAMEpeaks.xls基本一致,适合用于导入R进行分析。 NAMEsummits.bed:记录每个peak的peak summits,也就是记录极值点的位置。MACS建议用...
(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Sub...
第四,该软件可高度定制轨道高度(track heights)、坐标轴范围(axis limits)和显示功能(display features)。例如该软件可以通过用linear-scale和log-scale突出显示富集区域来描述ChIP/input富集。第五,DROMPAplus可以支持spike-in归一化和总reads归一化。最后,它使用比C语言更灵活的C++语言,计算速度比Python和R快。
第四,该软件可高度定制轨道高度(track heights)、坐标轴范围(axis limits)和显示功能(display features)。例如该软件可以通过用linear-scale和log-scale突出显示富集区域来描述ChIP/input富集。第五,DROMPAplus可以支持spike-in归一化和总reads归一化。最后,它使用比C语言更灵活的C++语言,计算速度比Python和R快。
图1:ChIP-seq实验和分析工作流程。(A)样品制备和测序;(B)ChIP-seq标准分析流程。 (1)环境设置(Environmental setup) NGS分析的计算工具通过各种计算机语言编写,例如C++,R,Python,Java和Perl语言。每种语言都需要不同的设置方法。大多数在Linux系统上执行,也可以使用Linux的Mac终端和Windows Subsystem for Linux (WSL...
samtools markdup -@ 8 -r test.bam filter_test.bam # -r是直接去掉重复,不加是直接标记 picard去重有三种方式可选,在DUPLICATE_SCORING_STRATEGY参数中,分别是SUM_OF_BASE_QUALITIES, TOTAL_MAPPED_REFERENCE_LENGTH和RANDOM。即当有重复时分别选择留下总碱基质量最高的、匹配上参考基因组最长的和随机。